Theo sách “Tây Hồ chí”, chùa Châu Long là nơi công chúa Khiết Cô - con gái vua Trần Nhân Tông xuất gia và tu tập. Sau này, vua muốn công chúa về cung để gả chồng nhưng nàng không chịu và trốn đến châu An Sinh (Đông Triều, Quảng Ninh) để tiếp tục tu. Khi công chúa mất, các môn đồ đã xây tháp mộ và dựng tượng thờ ở Phúc Lâm tự. Các vương triều sau đó sắc phong nàng là Linh Thông Công chúa. Đến thế kỷ XX, sau nhiều biến thiên lịch sử, vườn chùa - nơi dựng ngôi tháp đã trở thành chợ Châu Long; pho tượng Linh Thông Công chúa cũng không còn.
Chùa Châu Long xưa kia, đây là một gò đất ăn ra giữa hồ Trúc Bạch, được gọi là núi Châu Long.
Chùa có nhiều di vật kiến trúc điêu khắc đẹp như các trụ biểu , hệ thống cửa võng chạm thủng hình tứ linh “ Long , Ly , Quy , Phượng “ hoa điểu , văn mây hình học …riêng pho tượng Thích ca sơ sinh là một sáng tạo khá độc đáo . Tượng Đức Thế Tôn cũng là pho tượng cao hiếm thấy trong hệ thống tượng cùng loại ở các chùa nước ta . Chùa Châu Long như là một bảo tàng mỹ thuật ở kinh thành Thăng Long phản ánh tài hoa của người nghệ nhân trong lịch sử .
Cổng chùa Châu Long nhìn về hướng tây ra hồ Trúc Bạch. Sân phía trước khá nhỏ, lại bày các tháp và đèn đá cạnh lư đồng nên càng chật. Hai bên sân có cửa ngách, che bằng hai tầng mái kiểu giả lợp ngói ống.
Tất cả các tên và câu đối chữ Hán ở cổng và cửa đều được đắp nổi. Cửa mé hữu thông sang một khoảnh sân nhỏ hơn, cả hai sân được bao trong một bức tường thấp. Khuôn viên chùa bị lấn chiếm nhiều, cảnh quan bên ngoài cũng bị khuất bởi các tòa nhà to cao mới mọc lên. Tòa tiền tế ở trên thềm cao, gồm ba gian hai dĩ với các bia hậu gắn ở hai vách tường đầu hồi; trên cửa giữa là mấy chữ Triện khá đẹp. Hai bên chính điện có Hộ pháp đứng canh lối vào thiêu hương và hậu cung. Tam bảo không lớn nhưng có nhiều pho tượng độc đáo. Trong chùa còn có các nhà thờ Tổ và thờ Mẫu.
Chùa Châu Long còn giữ được nhiều tác phẩm điêu khắc và thư pháp trên các trụ biểu và các mảng gỗ. Toàn bộ hệ thống cửa võng và hương án được chạm thủng các hình tứ linh, chim muông, hoa lá, mây lửa, kỷ hà… Riêng pho tượng Thích Ca sơ sinh nho nhỏ và hình chạm Cửu Long đã là một sáng tạo đẹp. Tượng Đức Thế Tôn cũng thuộc loại cao hiếm thấy trong hệ thống tượng cùng loại ở các chùa nước ta. Phần lớn các tượng chư Phật, Bồ tát, Hộ pháp gần đây đã được tô lại, trông như mới.
Năm 1994, chùa Châu Long được xếp hạng Di tích lịch sử văn hoá nghệ thuật quốc gia.