Sau nhiều lần cho sứ giả sang đe dọa, năm 1258, đế chế Mông Cổ kéo quân xâm lược Đại Việt. Trước sức mạnh của kẻ thù, triều đình nhà Trần đã dùng kế “thanh dã” đánh giặc. Vua Trần Thánh Tông ra lệnh cho hoàng tộc, các quan và gia đình họ cùng dân chúng 61 phường trong kinh thành rút khỏi Thăng Long.
Đây là lần đầu tiên trong lịch sử, dân chúng kinh thành sơ tán để đánh giặc. Triều đình cho chuyển tất cả các kho tàng, của báu với mục đích không để thứ gì lọt vào tay giặc. Công lao to lớn này thuộc về Linh từ Quốc mẫu Trần Thị Dung, vợ của Thái sư Trần Thủ Độ, người sáng lập ra triều Trần và là linh hồn của cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông lần thứ nhất. Bà đã tổ chức cho hoàng gia, các gia đình tướng sĩ đang chiến đấu ngoài mặt trận rời khỏi kinh thành an toàn. Tại nơi sơ tán, bà sắp xếp lại cuộc sống, đồng thời cho dân chúng thu gom vũ khí, cung cấp cho quân đội.
Quân giặc ào vào chiếm được kinh thành dễ dàng mà không gặp phải sự kháng cự nào, nhưng chúng bất ngờ vì Thăng Long chỉ là tòa thành trống rỗng. Chúng cho quân lùng sục, song bao trùm 61 phường là không gian lặng im không tiếng gà gáy, không tiếng chó sủa khiến chúng hoang mang lo lắng. Chúng chỉ tìm thấy trong ngục thất những tên sứ giả bị trói chặt, trong đó có những tên đã chết. Đó là những sứ giả được phái sang dụ dỗ, đe dọa, buộc triều Trần phải đầu hàng. Chúng bị đánh bật khỏi kinh đô sau trận chiến ở Đông Bộ Đầu (khu vực đầu Hàng Than, Hòe Nhai ngày nay) vào ngày 29-1-1258. Đó là trận quyết chiến chiến lược. Thua trận, quân Mông Cổ buộc phải rút khỏi Thăng Long, và trong cuộc chiến này, chúng chỉ chiếm được Thăng Long trong 11 ngày (từ ngày 18-1 đến 29-1-1258).
Lần thứ hai, năm 1285, quân Nguyên xâm chiếm Đại Việt và Thăng Long là đích cuối. Chúng chiếm được kinh thành, nhưng “cung thất nhẵn không”, chỉ tìm thấy những tờ chiếu của vua Nguyên bị xé bỏ. Không để cho quân giặc có thời gian định thần, quân dân Đại Việt đã phản công kẻ thù tại bến Hàm Tử, Chương Dương, Tây Kết ở phía nam Thăng Long. Cùng với đó là trận thọc sâu vào phường Giang Khẩu (đầu phố Hàng Buồm ngày nay) do Trung Thành Vương chỉ huy, buộc quân địch phải tháo chạy. Trong cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông lần thứ hai này, Thăng Long bị chiếm hơn 3 tháng (từ ngày 18-2 đến cuối tháng 5-1285).
Buộc phải rút khỏi Thăng Long nhưng quân Nguyên vẫn không từ bỏ dã tâm xâm chiếm Đại Việt. Ngày 2-2-1288, giặc lại chiếm Thăng Long lần thứ ba nhưng chúng không thể tiêu diệt được triều đình và quân đội nhà Trần. Chiến lược đánh nhanh, thắng nhanh và cướp lương thực nuôi quân thất bại, đẩy quân Nguyên vào tình thế khó khăn. Chúng điên cuồng tàn phá kinh thành và sục sạo ra các vùng xung quanh để cướp bóc lương thực nhưng vấp phải lối đánh du kích khiến chúng hoảng loạn.
Theo Đại Việt sử ký toàn thư, làng Cổ Sở, tên Nôm là Kẻ Giá (nay là xã Yên Sở và Đắc Sở, huyện Hoài Đức) là một làng chiến đấu tiêu biểu. Sách chép: “Khoảng niên hiệu Nguyên Phong (1251 - 1258) đời Trần, người Thát Đát vào cướp. Đi đến địa phương này, ngựa khuỵu chân không đi được, dân chúng ra đánh, chém được đầu giặc, quân giặc chạy tan. Khoảng năm Trùng Hưng (1285 - 1293), giặc lại vào cướp, đi đến đâu cũng đốt phá mà ấp ấy vẫn như được che chở, không bị xâm phạm mảy may”. Ngựa của giặc bị khuỵu chân là do dân Cổ Sở đào hầm đánh bẫy. Làng này chỉ cách Thăng Long mấy chục dặm, dân bám làng, bám đất, đánh cho chúng tan tác. Chủ soái của giặc là Thoát Hoan từng ngấm đòn thất bại trước đây vội rút quân về Vạn Kiếp. Trong cuộc kháng chiến chống quân Nguyên Mông lần thứ ba, quân giặc chỉ chiếm được Thăng Long trong 32 ngày (từ ngày 2-2 đến 5-3-1288).
Trên đất Hà Nội hiện còn dấu tích của 3 lần kháng chiến chống Nguyên Mông, đó là đình Giảng Võ (ngõ 612, đường La Thành, phường Giảng Võ, quận Ba Đình), thờ Bà Chúa Kho. Tương truyền, bà là người giữ kho của triều Trần, đã cất giấu, phân tán của cải, lương thực trong kho, quyết không để lọt vào tay giặc. Một dấu tích khác là đình làng Ngọc Hồi (xã Ngọc Hồi, huyện Thanh Trì) thờ 3 anh em họ Lỗ. Theo thần tích, họ đã chiêu mộ quân lính đánh giặc cùng với triều đình.
Với tài tổ chức của các vua Trần và đội ngũ tướng soái tài ba cùng dân chúng Thăng Long anh dũng, quân dân Đại Việt lập nên chiến công 3 lần chiến thắng quân xâm lược Nguyên Mông hùng mạnh.
