Theo quy hoạch, thành phố có 159 cụm công nghiệp, tổng diện tích khoảng 3.204,31ha. Trong đó, giai đoạn đến năm 2020, có 138 cụm công nghiệp, với diện tích khoảng 2.622,91ha. Giai đoạn từ năm 2021 đến 2030, mở rộng 5 cụm công nghiệp, xây mới 21 cụm công nghiệp, với tổng diện tích khoảng 536ha.

Khu vực phía Bắc gồm các quận, huyện: Sóc Sơn, Mê Linh, Đông Anh, Long Biên, Gia Lâm ưu tiên phát triển công nghiệp điện tử - công nghệ thông tin, sản xuất ô tô, công nghiệp vật liệu mới, hóa dược - mỹ phẩm... Phía Nam gồm huyện Thường Tín và Phú Xuyên, ưu tiên phát triển công nghiệp sinh học phục vụ nông nghiệp, chế biến nông sản, công nghiệp hỗ trợ... 

Phía Tây, khu vực Hòa Lạc, Xuân Mai, Miếu Môn, ưu tiên phát triển công nghiệp sinh học, hóa dược - mỹ phẩm, công nghệ điện tử, cơ khí chính xác, công nghệ vật liệu mới, nano, năng lượng mới... Dự kiến, tổng nhu cầu vốn đầu tư cơ sở hạ tầng khoảng 49.425 tỷ đồng. Trong đó, giai đoạn đến năm 2020 khoảng 34.900 tỷ đồng và giai đoạn năm 2021-2030 khoảng 14.525 tỷ đồng.