Báo cáo công tác khai quật khảo cổ học từ năm 2000 đến nay, đại diện lãnh đạo Hội khảo cổ học Việt Nam cho biết: Gần 3 năm qua các nhà khảo cổ học, các nhà khoa học đã tổ chức nhiều cuộc khai quật khảo cổ có quy mô tương đối lớn tại di sản Thành nhà Hồ. Tiêu biểu là cuộc khai quật 25.000m2 tại nội thành, phát hiện 4 cụm dấu tích có niên đại Trần - Hồ, 2 cụm kiến trúc Lê Sơ, 1 cụm kiến trúc thời Lê Trung Hưng; làm rõ hiện trạng, dấu tích, cấu trúc, vật liệu xây dựng con đường Hoàng Gia. Đây là những minh chứng quan trọng về tính toàn vẹn, tính xác thực và khẳng định giá trị nổi bật toàn cầu của di sản Thành nhà Hồ.
Các cuộc khai quật khảo cổ với nhiều phát hiện mới đóng góp vào việc tìm hiểu cấu trúc, kiến trúc Thành nhà Hồ qua các thời kỳ lịch sử; chứng minh giá trị từ sự nguyên vẹn của những nền móng, kiến trúc được bảo tồn với chất lượng rất tốt dưới lòng đất trong hơn 600 năm trường tồn của di sản. Đây cũng là nỗ lực của Đảng bộ, chính quyền, nhân dân tỉnh Thanh Hóa trong thực hiện khuyến nghị của ICOMOS, trong bảo tồn, phát huy giá trị khu di sản Thành nhà Hồ theo đúng tinh thần của Công ước 1972 của UNESCO.
Trưởng Văn phòng đại diện UNESCO tại Việt Nam, ông Christian Manhart ghi nhận và đánh giá cao nỗ lực của chính quyền địa phương, các chuyên gia trong đầu tư nghiên cứu, khai quật khảo cổ học tại Di sản văn hóa thế giới Thành nhà Hồ và đề nghị Trung tâm bảo tồn di sản Thành nhà Hồ cần làm tốt công tác tư liệu hóa quá trình nghiên cứu, khai quật và từng bước phát hiện được các hiện vật chi tiết, kỹ lưỡng hơn nữa; đồng thời thực hiện bản đồ quét bằng công nghệ quét không xâm lấn để mang lại hiệu quả cao hơn trong công tác khai quật.