Chùa Ngòi, tên hiệu là Phúc Khê. Không biết rõ ngôi chùa do ai đặt tên, chỉ biết rằng nhân dân trong vùng đã quen với cái tên gọi này (Phúc Khê nghĩa là nguồn hạnh phúc, thái bình, thịnh vượng).
Theo lời kể của trụ trì và các tài liệu còn ghi lại, chùa Ngòi vốn có từ lâu đời, chùa được hội Linh Cảm – hội của Nhiếp Chính Ỷ Lan đời Lý xây dựng vào khoảng trước thế kỷ 17. Trải qua bao thăng trầm, biến cố của thời gian, cùng với chiến tranh tàn phá chùa trước đây gần như bị phá hủy toàn bộ, năm Bính Tý (1636) Hưng Công làm mới lại hai tòa Thiêu hương, Tiền đường. Đến năm Kỷ Mão (1639) làm lại tòa Hậu đường, vật liệu xây dựng toàn làm bằng gỗ tốt. Năm 1989 xây dựng Tam quan. Năm 1990, khu nhà Tổ đường được khởi công xây dựng và đến năm 1992 xây dựng Điện thờ Mẫu và tổng thể chùa đã được phục dựng lại như cũ.
Đặc biệt, từ khi có chính sách bảo tồn và phát huy di sản văn hóa, cùng với Chương trình Mục tiêu quốc gia chống xuống cấp và tôn tạo di tích, chùa Ngòi cũng nằm trong hệ thống di tích văn hóa cần được bảo vệ cả về vật thể và phi vật thể. Do đó, năm 1996 chùa được tu sửa hoành mái ở Hậu cung và 4 cột trụ chính ở tòa Tam bảo. Đến năm 2001, để hợp với cảnh quan khuân viên di tích dãy nhà Tổ đường và Tam quan được xây dựng lại lần 2, năm 2006 Điện thờ Mẫu cũng được tu sửa lại. Đến nay, chùa Ngòi sở hữu vẻ đẹp khang trang, bề thế, xứng là chốn thiền tôn nghiêm thanh tịnh, là nơi để Phật tử cùng du khách thập phương đến tham quan, chiêm bái.
Ngôi chùa tọa lạc trên khuôn viên khá rộng và thoáng với diện tích khoảng 2000m2, nằm hướng ra dòng sông Nhuệ, với nhiều cây xanh, không khí trong lành, yên tĩnh, tạo nên phong cảnh thoáng đãng, êm đềm cho ngôi chùa mà bất cứ ai đã từng đặt chân đến đây đều cảm nhận được điều đó.
Chùa Ngòi được thiết kế theo lối kiến trúc điển hình của những ngôi chùa ở miền Bắc. Nhìn một cách tổng thể từ ngoài vào, hệ thống kiến trúc chùa được kết cấu chặt chẽ theo hình chữ U bao gồm nhiều lớp: Cổng tam quan, tòa tam bảo, hậu cung, nhà thờ tổ, thờ mẫu, nhà khách và các công trình kiến trúc được bố cục hài hòa trong một không gian rộng thoáng, những cây xanh tỏa bóng bốn mùa tạo thêm vẻ u tịch tĩnh lặng nơi cửa thiền.
Ngay sát mặt đường Ngô Thì Nhậm đi vào là Tam quan chùa, Tam quan cũng chính là gác chuông với kiến trúc hai tầng tám mái với đầu đao cong vút. Tầng trên có lan can bao xung quanh, làm bằng gỗ được chạm trổ rồng, phượng, hoa lá, chim thú…, bên trong treo quả chuông lớn đúc năm 1801.
Qua Tam quan là sân rộng được lát gạch đỏ, bên phải, bên trái trước tiền đường là khuôn viên được trồng nhiều cây bóng mát, có ghế đá để cho du khách thập phương nghỉ ngơi khi vãn cảnh chùa. Từ cổng chính đi qua vườn bên phải là khu Lăng tháp Tổ với 5 ngọn tháp thờ các vị Tổ Sư (Tháp này chứa xá lợi của các vị Tổ sư trước đây đã từng ở chùa). Xưa nay, vườn tháp được xem như một công trình kiến trúc góp phần tôn vinh giá trị cho ngôi chùa mang đậm bản sắc văn hóa Việt.
Tòa Tam Bảo được tu sửa đầu năm 2008 với tổng diện tích 300m2, gồm 5 gian và 2 dĩ kết nối với hậu cung thành hình chuôi vồ. Bộ khung nhà có kết cấu, kiểu dáng đơn giản được liên kết theo kiểu “giá chiêng, chồng rường”, nhưng toàn bộ khung nhà được làm bằng gỗ lim bền chắc, có nhiều mảng chạm khắc tinh tế. Xung quanh chùa có mái hiên chạy quanh. Chùa được thiết kế theo kiến trúc kiểu mới mà không mất đi vẻ cổ kính, trang nghiêm vốn có. Trên bờ nóc được lát bằng gạch hộp, trổ hoa tranh, bên trong rỗng để trọng lượng mái không bị nặng. Hai bên đầu bờ nóc được đắp hai con rồng đăng đối với nhau. Nhà thờ Mẫu đối diện với tòa Tam bảo và được bài trí rất linh thiêng. Phía trong cùng là dãy nhà tổ, tại đây treo các câu đối và trên bệ thờ là tượng các vị sư từng trụ trì ở chùa.
Các tượng Phật trong Hậu cung khá phong phú, nhiều những pho tượng quý hiếm, đáng kể đến nhất đó là bộ Tam thế nhỏ làm bằng một khối đá, hình thức mập mạp mang chất dân gian. Ba pho Tam thế thể hiện ba tư thế khác nhau; một chắp tay trước bụng kết án tam muội (thiền định), một với tay kết ấn vô úy, một để tay lên lòng đùi kiểu vọng thiên địa chứng giám. Bộ tượng A Di Đà trong tư thế thiền định, bằng gỗ, là mực chuẩn của tượng phật đầu thế kỷ XVIII. Tượng mang nhiều nét mềm mại uyển chuyển của tâm hồn Việt Nam, áo cà sa kết vân mây soắn âm dương. Bên trái có tượng Bồ tát mang nghệ thuật thế kỷ XVIII. Pho tượng Di Lặc bồ tát cũng là một tượng hiếm gặp với mắt tròn, bụng phệ, vẻ mặt tươi vui tạo từ thế kỷ XVIII.
Ngoài ra, chùa còn bảo lưu bộ sưu tập di vật khá phong phú, trong đó có nhiều di vật có giá trị đặc sắc về nghệ thuật như: Hoành phi, cuốn thư sơn son thiếp vàng, chạm khắc hình tứ quí, tứ linh, bát hương,… cùng với hai tấm bia cổ niên hiệu Vĩnh Thọ (1658 – 1662), Chính Hòa (1680 – 1705) trang trí rồng chầu mặt nguyệt trên trán bia, riềm bên lá hoa cúc dây, nội dung bia có nhiều thông tin về lịch sử xây dựng chùa Ngòi.
Chùa Ngòi là một công trình kiến trúc nghệ thuật cần được trân trọng và bảo tồn. Nhằm tôn vinh những giá trị văn hóa cũng như tín ngưỡng sâu sắc mà chùa Ngòi để lại cho đến ngày nay. Di tích chùa Ngòi đã được Bộ Văn hóa – Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) xếp hạng Di tích lịch sử năm 1989.