Tương truyền, tiền thân của chùa Phụng Thánh là miếu thờ một nàng công chúa thời nhà Lý rất xinh đẹp, thường giúp dân quanh vùng. Sau này, miếu được mở rộng quy mô và trở thành chùa Phụng Thánh. Có thể nói, chùa Phụng Thánh là một trong những ngôi chùa có lịch sử lâu đời nhất ở Hà Nội.
Trong lịch sử, chùa Phụng Thánh từng nhiều lần bị phá hủy bởi chiến tranh. Đó là khi nghĩa quân Tây Sơn, dưới sự chỉ huy của Quang Trung - Nguyễn Huệ tiến quân ra Bắc đánh đuổi quân Thanh, giải phóng Thăng Long (1789). Lúc này, do nằm trong khu vực giao tranh ác liệt giữa hai bên nên chùa Phụng Thánh đã bị phá hủy. Đến thời Nguyễn, chùa được khôi phục lại.
Tháng 12-1972, khi Mỹ rải bom B52 xuống phố Khâm Thiên, Tam bảo chùa Phụng Thánh bị phá hủy toàn bộ. Sau đó, chùa được tu bổ nhưng lại bị các hộ dân lấn chiếm nghiêm trọng suốt một thời gian dài. Phải mất nhiều năm, quận Đống Đa mới hoàn thành việc đền bù cho các hộ dân để giải phóng mặt bằng và trả lại khuôn viên chùa như hiện tại.
Tuy nằm giữa khu dân cư đông đúc nhưng khuôn viên chùa khá thoáng đãng, thanh tịnh. Tam quan chùa được xây kiểu chồng diêm 2 tầng 8 mái, trên nóc đắp hình mặt trời lửa cùng các đầu đao hình rồng lá cách điệu. Qua tam quan là hồ nước lớn hình tròn, chính giữa là lầu Quan Âm, nối với bờ bằng một cầu rồng được đắp nổi công phu. Xung quanh hồ có lầu chuông, lầu trống, lầu chiêng, khu mộ tháp. Phía sau là Tam bảo, nhà Tổ, nhà Mẫu, nhà khách cùng khu vườn rộng bao quanh.
Tam bảo chùa có kết cấu kiểu chữ “Đinh”, gồm tiền đường và thượng điện. Khu nhà Tổ có kết cấu tương tự. Các bộ vì được liên kết với nhau theo kiểu “Thượng chồng rường giá chiêng, hạ cốn, kẻ hiên”, có hoa văn chạm khắc tinh xảo, mang phong cách nghệ thuật thời Nguyễn. Nhà Mẫu là nơi thờ Tam tòa thánh Mẫu, Ngũ vị Tôn ông, Đức thánh Trần Hưng Đạo Đại vương... Trong chùa hiện còn lưu giữ 29 pho tượng tròn, 2 quả chuông đồng, 9 tấm bia đá cùng hệ thống cửa võng, đại tự, cuốn thư, hương án và bộ kinh quý.
Với những giá trị văn hóa - lịch sử lâu đời, chùa Phụng Thánh đã được xếp hạng là di tích cấp Quốc gia năm 1988.
.jpg "Hà Nội - 36 khúc giao thời: Khám phá sự giao thoa quá khứ và hiện tại của 36 phố phường")
