Chương trình học được đổi mới, bổ sung nhiửu môn học mơi như: Viễn thám, Môi trường, Lý thuyết hệ thống tự động hóa, Tin học ứng dụng, Kinh tế đầu tư, Cấp thoát nước, Xử lý nước thải, Kiến trúc...tăng cường một số môn Khoa học xã hội nhân văn như: Xã hội học, pháp luật...Năm 2000, mở thêm ngà nh Kử¹ thuật cơ sở hạ tầng, năm 2001 mở ngà nh Công nghệ thông tin, năm 2003 mở ngà nh Kử¹ thuật Bử biển.
Tại Hội nghị Giáo dục Đại học tháng 10/2001, Bộ trưởng Bộ Giáo dục -Đà o tạo đánh giá Trường Đại học Thủy Lợi là : một trường hợp điển hình vử việc xây dựng các ngà nh nghử đà o tạo, phủ kín lĩnh vực tà i nguyên nước, nhằm đà o tạo cán bộ từ khâu quy hoạch, quản lý, khai thác sử dụng và phát triển bửn vững tà i nguyên nước.
Chương trình đà o tạo Đại học được Nhà trường đặc biệt quan tâm, năm 2003 đã hoà n thà nh chương trình khung với 270 đơn vị học trình cho các ngà nh, năm 2004 xây dựng xong đử cương chi tiết môn học và bắt đầu thực hiện từ năm học 2004-2005.
Thực hiện Nghị quyết số 14/2005/NQ-CP của Chính phủ vử đổi mới cơ bản và toà n diện giáo dục Đại học ViệtNam giai đoạn 2006-2020. Năm 2004 Ban xây dựng chiến lược phát triển trường thà nh lập; Nhà trường đã chủ động xây dựng chiến lược phát triển Trường giai đoạn 2006- 2020 và tầm nhìn 2030 phù hợp với xu thế hội nhập quốc tế. Chiến lược đổi mới cơ bản toà n diện Trường Đại học Thuỷ lợi đã mang lại cho cán bộ, giảng viên một môi trường thuận lợi để có thể phát huy năng lực, trí tuệ của mình cho sự nghiệp phát triển Nhà trường, tạo cho sinh viên một môi trường học tập, nghiên cứu hiện đại, được trang bị những kử¹ năng cần thiết để tiến thân, lập nghiệp, thích ứng nhanh với nửn kinh tế thị trường trong xu thế hội nhập quốc tế. Từ năm học 2007-2008 đà o tạo theo học chế tín chỉ, chương trình đà o tạo được rút ngắn từ 5 năm xuống còn 4 năm (145 tín chỉ) đối với hệ Đại học và từ 3 năm xuống còn 2.5 năm (98 tín chỉ) đối với hệ Cao đẳng. Nhà trường đã đưa các môn Kử¹ năng giao tiếp, kử¹ năng bình luận và phê bình, kử¹ năng học tập và là m việc theo nhóm và o chương trình đà o tạo. Tên ngà nh học và chương trình đà o tạo được đổi mới theo chương trình đà o tạo của Hoa Kử³ và một số nước tiên tiến khác trên Thế giới. Ngoà i các ngà nh cũ được nâng cấp và đổi tên, năm 2007 mở thêm các ngà nh: Công nghệ kử¹ thuật xây dựng, Kử¹ thuật điện, Quản trị kinh doanh, Kế toán, Giảm nhẹ thiên tai, Kử¹ thuật Biển. Năm 2008 mở lớp chương trình tiên tiến ngà nh Kử¹ thuật Tà i nguyên nước hợp tác với trường Đại học BangColorado, Hoa Kử³ (Colorado State University).
Đà o tạo trên và sau Đại học luôn được đổi mới chương trình, nâng cao chất lượng, gắn đà o tạo với địa chỉ sử dụng. Luận văn tốt nghiệp xuất phát từ yêu cầu thực tế, gắn với đử tà i khoa học mang tính cấp thiết phục vụ cho sự nghiệp phát triển của ngà nh và đất nước. Từ năm 2004, Trường đã được Bộ cho phép đà o tạo 13 chuyên ngà nh Tiến sử¹, 7 ngà nh Thạc sử¹. Các lớp bồi dườ¡ng chuyên đử, hội thảo được mở thường xuyên, mỗi năm có hà ng trăm cán bộ, kử¹ sư tham dự.
Trường đại học Thủy lợi đã mở rộng quy mô đà o tạo ở mức tương đối ổn định ở tất cả các bậc học: Cao đẳng, Đại học, trên Đại học (Thạc sử¹, Tiến sử¹) và ở các địa bà n trong toà n quốc. Chất lượng đà o tạo được coi trọng và giữ vững đáp ứng yêu cầu của nửn kinh tế thị trường theo định huớng Xã hội chủ nghĩa. Nhà trường coi chất lượng đà o tạo là uy tín bảo đảm sự phát triển của Nhà trường; vì vậy Trường đã có những biện pháp khuyến khích vật chất, tinh thần đối với các Bộ môn, cá nhân viết giáo trình, dịch giáo trình nhập khẩu, đổi mới phương pháp giảng dạy, tham gia nghiên cứu khoa học; hướng dẫn thi sinh viên thi Olympic các môn học, sinh viên NCKH.
Năm 1997 Trung tâm ĐH1 tại Thà nh phố Hồ Chí Minh một mô hình 3 kết hợp trình độ cao được Bộ Nông nghiệp & PTNT quyết định nâng cấp thà nh Cơ sở 2 - Đại học Thuỷ lợi đánh dấu một bước phát triển mới trong công tác đà o tạo và trở thà nh trung tâm đà o tạo cán bộ có trình độ đại học, trên đại học cho các tỉnh phí Nam đáp ứng được nhu cầu của các tỉnh vử đội ngũ cán bộ kử¹ thuật trong lĩnh vực tà i nguyên nước. Trung tâm ĐH2 tại Phan Rang, Ninh Thuận từ năm học 2007-2008 cũng được Nhà trường chiêu sinh đà o tạo hệ chính quy trình độ Cao đẳng.
Vử Khoa học công nghệ
Thực hiện NQ26/NQTW của Bộ Chính trị vử khoa học và công nghệ trong sự nghiệp đổi mới, Nghị định 35 HĐBT vử công tác quản lý khoa học và công nghệ trong thời kử³ công nghiệp hóa, hiện đại hóa và nhiệm vụ đến năm 2000, hoạt động nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ phục vụ sản xuất của Trường đại học Thủy lợi có những bước phát triển mạnh mẽ cả vử số lượng và chất lượng, góp phần tích cực cho sự phát triển của ngà nh phục vụ trực tiếp sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa Nông nghiệp - Nông thôn.
Hầu hết các đử tà i nghiên cứu đửu tập trung và o những chương trình trọng điểm của Quốc gia, của ngà nh, những dự án quan trọng có tính chất lâu dà i như vùng đồng bằng sông Cửu long, vùng đồng bằng sông Hồng, khu vực miửn Trung, vùng Tây nguyên, các dự án của WB, ADB đầu tư tại Việt nam.
Song song với công tác nghiên cứu khoa học, trường Đại học Thủy lợi đã tiếp tục mở rộng hoạt động sản xuất ở các địa bà n trong toà n quốc. Củng cố ổn định các cơ sở sản xuất đã có, thà nh lập đơn vị mới các Trung tâm nghiên cứu khoa học, các Viện lần lượt ra đời: Trung tâm Khoa học và triển khai kử¹ thuật thủy lợi (năm 1990), Trung tâm Thủy văn ứng dụng và kử¹ thuật môi trường (năm 1993), Trung tâm Khoa học và Công nghệ cơ học máy thủy lợi (năm 1994),Văn phòng Tư vấn thẩm định thiết kế và giám định chất lượng công trình (năm 1998), Công ty Tư vấn & CGCN (năm 2000); Viện Thủy Lợi và Môi trường (2006); Viện Kử¹ thuật công trình (2007); Viện kử¹ thuật tà i nguyên nước (2007). Đã ký kết và thực hiện hà ng trăm công trình phục vụ sản xuất, số đử tà i tăng nhanh, đa dạng và phong phú, đặc biệt là các đử tà i cấp Nhà nước và đử tà i trọng điểm cấp Bộ. Khoa học công nghệ phục vụ sản xuất đã tạo nên sự gắn kết trực tiếp giữa đà o tạo với thực tiễn sản xuất, nâng cao năng lực của thầy và trò, đồng thời tạo ra nguồn thu bổ sung để đầu tư cho cơ sở vật chất, các điửu kiện là m việc và mang lại phúc lợi tập thể để cải thiện một phần đời sống của giáo viên, công nhân viên và sinh viên.Chỉ tính riêng trong 5 năm từ 2003 đến 2007 trường đã thực hiện 132 đử tà i NCKH các cấp; doanh thu từ các hợp đồng tư vấn, thi công phục vụ sản xuất đạt trên 391 tỷ đồng.
Hoạt động hợp tác Quốc tế vử khoa học
Ngà y cà ng được đẩy mạnh và mở rộng với các trường Đại học của các nước, các tổ chức Quốc tế đã thu được nhiửu kết quả tốt.
Tháng 8/1988, sau chuyến đi dự Hội nghị Quốc tế tổ chức tại Thái Lan của đồng chí Hiệu trưởng, Trường Đại học Thủy lợi được kết nạp trở thà nh thà nh viên thứ 16 của ESCAP (Tổ chức giáo dục của các nước khu vực Châu á - Thái Bình Dương), cũng từ đó Nhà trường đã tạo lập được mối quan hệ với Ấn Độ, Hà Lan, Australia và Thái Lan.
Thực hiện dự án VIE 88/007-tăng cường khả năng đà o tạo trường Đại học Thuỷ lợi đạt kết quả tốt đã tạo thế và lực cho trường mở rộng quan hệ hợp tác vử đà o tạo KHCN với nhiửu trường đại học trên thế giới.
Tháng 4/1995, Nhà trường đã thiết lập lại quan hệ với một số trường Đại học, cơ quan thủy lợi của Trung Quốc, từ đó đến nay đã có nhiửu cuộc trao đổi, học tập lẫn nhau giữa Đại học Thủy Lợi và các trường Đại học, các cơ quan của Trung Quốc, trong đó Đại học Vũ Hán đã nhận đà o tạo cán bộ giảng dạy cho Nhà trường, nhiửu giảng viên của Trường được đà o tạo trình độ tiến sử¹, thạc sử¹ tại ĐH Vũ Hán.
Năm 1996, đã xây dựng và ban hà nh thực hiện Quy định quản lý hoạt động đối ngoại, vì vậy tuy triển khai hoạt động đối ngoại nhiửu và phức tạp nhưng đã đi và o nử nếp.
Dự án: Hỗ trợ tăng cường năng lực đà o tạo cho trường Đại học Thuỷ lợi do chính phủ Đan Mạch tà i trợ và Dự án Xây dựng ngà nh đà o tạo kử¹ thuật Bử biển do chính phủ Hà Lan tà i trợ đã triển khai, có hiệu quả và đúng tiến độ. Với sự hợp tác nà y, Trường Đại học Thủy lợi đã tiếp nhận được những tiến bộ khoa học công nghệ, tổ chức các lớp bồi dườ¡ng, hội thảo tại trường và cử hà ng trăm cán bộ giảng dạy, quản lý đi học tập, tham dự Hội nghị khoa học, hội thảo ở các nước để nâng cao trình độ vử chuyên môn, tầm nhìn, giao tiếp Quốc tế và ngoại ngữ. Dự án đã giúp trường xây dựng và đưa và o hoạt động phòng thí nghiệm thủy lực Tổng hợp, thà nh lập khoa Kử¹ thuật Bử biển.
Đa dạng các hình thức hợp tác quốc tế trường đã ký biên bản ghi nhớ với các trường đại học của Nhật Bản, Mử¹, Pháp, Singapore, Là o, Ấn Độ, àšc, Italia...
Phong trà o nghiên cứu khoa học trong sinh viên
Với 100 đến 150 báo cáo khoa học, trong đó có từ 10 đến 15 đử tà i NCKHSV được xếp loại giửi và được khen thưởng. Là một trong những trường sáng lập Olimpic Cơ học, phong trà o thi Olimpic của trường đã trở thà nh truyửn thống hà ng năm. Các đội tuyển Olimpic của trường như: Cơ lý thuyết, Sức bửn vật liệu, Cơ học đất, Thủy lực, Cơ kết cấu, Toán, Tin học...đoạt nhiửu giải cao trong các kử³ thi Olimpic Quốc gia. Nhiửu đồ án tốt nghiệp của sinh viên dự thi đã đạt giải Loa thà nh.
Xây dựng cơ sở vật chất
Nhà trường đã có những bước đi thích hợp xây dựng và cải tạo, nâng cấp được nhiửu cơ sở giảng đường tổng hợp giảng dạy theo học chế tín chỉ, trang bị máy chiếu phục vụ cho học tập và giảng dạy, nhà ở của sinh viên được cải tạo thà nh những khu khép kín, đường xá, điện nước được nâng cấp khang trang. Thư viện của Nhà trường khang trang với hà ng vạn sách, giáo trình tham khảo và hà ng chục máy tính nối mạng phục vụ cho nghiên cứu, học tập. Khu giáo dục thể chất gồm sân bóng đá, bể bơi, nhà thi đấu đa năng đáp ứng nhu cầu vử rèn luyện thể chất của cán bộ, giáo viên và sinh viên. Các phòng thí nghiệm đã từng bước đạt tiêu chuẩn Quốc gia và mang tính đặc thù của một trường đầu ngà nh vử lĩnh vực tà i nguyên nước. Cơ sở 2 của Trường được xây dựng khang trang to đẹp ngay gần trung tâm Thà nh phố Hồ Chí Minh gồm: giảng đường, thư viện, khu Ký túc xá sinh viên; cơ sở Bình Dương được nâng cấp xây dựng và đưa và o sử dụng khu giảng đường, khu Ký túc xá đáp ứng đủ nhu cầu cho sinh viên ăn, ở và học tập. Nhà trường đang triển khai xây dựng ký túc xá tại Hà Nội. Triển khai thực hiện dự án quy hoạch, mở rộng Trường Đại học Thủy Lợi tại Chương Mử¹ “ Hà Nội và cơ sở 2 tại Bình Dương.
Xây dựng và phát triển đội ngũ: Đội ngũ cán bộ quản lý, giảng viên, viên chức giửi vử chuyên môn nghiệp vụ
Đây là yếu tố quyết định sự thà nh công của Nhà trường. Nhận thức đúng điửu đó, trường đã coi trọng công tác xây dựng và phát triển đội ngũ cán bộ viên chức, đặc biệt là đội ngũ giảng viên. Trong công tác xây dựng đội ngũ, trường chú trọng toà n diện cả 3 khâu tuyển dụng, đà o tạo và sử dụng. Tính đến tháng 3/2009, tổng số cán bộ viên chức của trường là 953 người; trong đó giảng viên là 440 người hầu hết đửu đạt chuẩn theo yêu cầu. Số giảng viên có trình độ giáo sư phó giáo sư 49 người, có học vị tiến sĩ 92 người, thạc sĩ 215 người. Đến nay đã có 3 gỉang viên được phong danh hiệu NGND, 73 giảng viên được phong danh hiệu NGUT.
Công tác thi đua khen thưởng
Dần đi và o nửn nếp, phong trà o thi đua : Lao động giửi, giảng dạy giửi được duy trì thường xuyên hà ng năm. Nhiửu Giảng viên của Trường được nâng lương và tặng Huy chương trước niên hạn. Với những thà nh tích đã đạt, Trường Đại học Thuỷ lợi đã được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Độc lập Hạng Ba (1989); Hạng Nhì (1994); Hạng Nhất (1999), Huân chương lao động hạng Ba cho hoạt động Công đoà n 1999; Anh hùng lao động thời kử³ đổi mới 2000, Huân chương Hồ Chí Minh 2004, Huân chương lao động hạng Nhất do Chính phủ Là o trao tặng năm 2000, năm 2008, nhận cử thi đua của Bộ Nông nghiệp & PTNT; Bộ Giáo dục& Đà o tạo, các đơn vị và cá nhân trong Trường đã được tặng thưởng 26 Huân chương Lao động, 47 Bằng khen Chính phủ và hà ng trăm Bằng khen của các Bộ, của địa phương.
Điửu đáng ghi nhận trong thời kử³ nà y, ngoà i những thà nh tựu đã đạt được, do thực hiện công cuộc đổi mới sự nghiệp giáo dục đà o tạo mang lại, Trường Đại học Thủy lợi đã xác định rõ rà ng, có căn cứ khoa học và thực tiễn con đường phát triển lâu dà i của Nhà trường trong những năm thập kỷ đầu của thế kỷ 21, phục vụ yêu cầu của sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa nông nghiệp và phát triển nông thôn- hội nhập quốc tế. Trường đã xây dựng và bước đầu thực hiện thắng lợi chiến lược phát triển với mục tiêu trở thà nh một trong 10 trường Đại học hà ng đầu của Việt Nam đà o tạo nguồn nhân lực và nghiên cứu khoa học chất lượng cao. Tạo dựng được danh hiệu Đại học Thủy Lợi Việt Nam có uy tín, quan hệ quốc tế rộng rãi đa phương, đa dạng đủ sức cạnh tranh, hợp tác bình đẳng với các nước trong khu vực cũng như thế giới và thực hiện chiến lược phát triển Trường, phấn đấu chủ động hội nhập.