Đức Thành hoàng được thờ tự tại đạo Kinh Bắc, phủ Thiên Phúc, huyện Kim Hoa, xóm Thất Ninh, trang Ninh Bắc (nay là thôn Yên Ninh, xã Hiền Ninh, huyện Sóc Sơn, TP. Hà Nội) .

Căn cứ vào tấm bia đá thần tích và bản thần tích được khắc trên biển gỗ do Đông Các đại học sĩ Nguyễn Bính phụng soạn, bản chính niên hiệu Hồng Phúc năm 1572 và Nguyễn Hiền Quản giám bách linh điện Hùng Lĩnh ghi theo bản cũ vào năm Vĩnh Hựu thứ 6 (1740) thì đình được thờ hai vị Trung Đẳng Thần  (triều Trưng Nữ Vương) và Thượng Đẳng Thần (triều Lý Thánh Tông).

Thần tích ghi rằng: Vào thời kỳ nước ta bị nhà Đông Hán cai trị, có một người quê ở tỉnh Thanh, họ Đổng, tên Long. Nhà ông có hai, ba đời làm thầy thuốc. Ông có người vợ họ Trương, tên Hoằng. Vợ chồng ông đều là người phúc hậu, đối với điều lành thì dù nhỏ cũng làm, cả một đời không làm điều gì tai tiếng. Vì vậy người địa phương đều khen gia đình ông là gia đình tích thiện. Quê ông có loại cây quý là quế mà địa phương khác không có. Vợ chồng ông là người chuyên đi bán quế qua Kinh Bắc và Phủ Hà (sau gọi là phủ Thiên Phúc), qua huyện Kim Hoa. 

Một lần, ông bà có đến Thất Ninh, trang Ninh Bắc, gặp khi trời tối, vợ chồng ông thấy một ngôi miếu ven đường liền vào nghỉ. Cuối canh tư, bà họ Trương nằm mơ thấy có một người con trai ăn mặc chỉnh tề, mặt mũi tuấn tú và tự xưng là vị thần ở khu vực này, thấy ông bà là người đức hậu nên xin được đầu thai. Sau đó bà họ Trương nhìn lên miếu thấy một vầng hào quang từ trên bệ thờ của miếu bay xuống sà vào bụng, bà liền ôm lấy nhưng trong lòng rất sợ hãi. Khi tỉnh dậy, bà đem việc ấy nói với ông. Ông đoán thấy điềm lành, liền làm lễ bái tạ thần miếu. 

Trở về nhà, bà thụ thai, đến ngày 4 tháng Giêng năm Giáp Dần sinh hạ được một người con trai có diện mạo khôi ngô khác thường. Bà biết là thần miếu đã giáng sinh nên nuôi nấng rất cẩn thận và đặt tên là Trưng Nghè. Đến năm 15 tuổi, Trưng Nghè đã hiểu biết nhiều, học hành thông thái, ham học binh thư, sở trường võ nghệ. 

Năm 18 tuổi cũng là lúc Trưng Nghè mãn tang cha mẹ, thời gian này đất nước đang rên xiết lầm than đưới ách đô hộ nặng nề của nhà Hán. Nhân dân ngày càng điêu đứng vì chính sách cai trị hà khắc, bạo tàn của tên thái thú Tô Định. Theo lời kêu gọi người tài đứng ra giúp nước, Trưng Nghè lập tức đi tuyển mộ người ở các làng xung quanh được vài nghìn người, thẳng đường ông đem quân đến dinh lũy của Bà Trưng. Thấy ông tài giỏi cả văn lẫn võ, Bà Trưng phong ông là Tả tướng quân chỉ huy đạo quân dũng tiến. 

Ông được giao nhiệm vụ đi tuần hành để phòng ngự lộ Đông Bắc. Hành quân đến đạo Kinh Bắc, qua phủ Thiên Phúc, huyện Kim Hoa, xóm Thất Ninh, trang Ninh Bắc (nay là làng Yên Ninh, xã Hiền Ninh, huyện Sóc Sơn), ông đóng quân ở ngôi miếu của xóm, mời các cụ bô lão trong làng tới và bảo rằng: “Đây là làng cha mẹ đã đầu thai ra ta và ta là vị thần làng này, ta sẽ che chở cho dân làng, ta đóng quân ở đây để nhìn lại cảnh xưa”.

Các cụ nghe nói vậy bèn sửa lễ cúng gia thần và cho 25 trai tráng đi theo làm quân thủ túc của ông. Ngày hôm sau, ông trở về đem quân đi đánh Tô Định. Sau một thời gian ngắn, quân Hán bị quét sạch. Nghĩa quân thu được 65 nghìn thành trì, Bà Trưng lên ngôi vua.

Sau khi lên ngôi, Trưng Vương có chiếu chỉ giao cho ông tổ chức lễ mừng công và phong thưởng các tướng lĩnh. Riêng Trưng Nghè cho về nhiệm sở ở Kim Hoa, phong thực ấp ở đó, đồng thời sắc phong cho Phụ Đạo Tướng Quân. Sau khi bái tạ đức vua trở về Kim Hoa, ông đến ngay thôn Thất Ninh, truyền cho quân lính cùng sửa sang lại miếu thờ rồi mổ trâu, bò, lợn để khao dân và quân lính. Ông dặn lại dân làng về sau phải thờ phụng nơi miếu đình mãi mãi. Ông lại cho dân 50 nén bạc để mua ruộng để làm đất hương hỏa hàng năm.

Sau khi Trưng Nghè mất, dân làng Thất Ninh (Yên Ninh ngày nay) cứ theo lệ cũ thờ ông tại miếu. Về sau vua Lê Đại Hành xét công lao của bách thần, thấy ông là vị thần rất linh hiển phong cho ông làm Thành hoàng với thần hiệu là Đổng Xá Trưng Nghè Linh Ứng Đại Vương.

Theo thần tích, đình Yên Ninh còn thờ  vị Thần hoàng làng thứ 2 là Xá Lại Đại Vương, vào triều vua Lý Phật Mã thế kỷ XI.

Thần tích kể rằng sau khi đoạn tang cha, Xá Lại tìm đường tu hành. Khi ông đến xóm Thất Ninh, thuộc tổng Ninh Bắc, huyện Kim Hoa, phủ Bắc Hà, ở đây có ngôi chùa là Đài Bi Tự, phong cảnh rất đẹp mà chưa có sư, ông xin trụ trì ở chùa này. Tại đây một thời gian dài nhân dân rất mến ông. Một hôm, ông ngồi trước cửa chùa bỗng trời nổi giông tố, rồi trên không hiện ra một đám mây vàng như tấm lụa từ từ bay xuống trước chùa quấn lấy ông bay theo. Đó là lúc ông hóa. Hôm đó là ngày 15 tháng 7. 

Năm 1028, Lý Thái Tổ mất, các con thứ tranh chiếm ngôi vua với Lý Phật Mã là con trưởng của vua. Lý Phật Mã lo ngại tạm lánh về Kinh Bắc để mưu toan việc lớn.

Một hôm, thái tử đến ngôi chùa ở thôn Thất Ninh thuộc tổng Ninh Bắc, phủ Thiên Phúc, lập một đồn binh ở đó để huấn luyện quân lính đối phó với giặc Chiêm Thành. Thái tử đến cầu ở miếu và hứa nếu thắng giặc sẽ gia phong Thượng Đẳng Phúc Thần. Đến cuối canh ba có một vị sư ăn mặc chỉnh tề đi từ phía chùa lại, xưng là dòng dõi nhà Lý và nói: “Tôi nghe thái tử đi về phía Nam để đánh giặc, tôi xin âm phù để thái tử giữ yên ngôi báu”. Nói xong thì biến mất. Khi thái tử tỉnh dậy biết là mộng lành, được thần giúp đỡ. 

Lý Phật Mã lên ngôi vua rồi đi đánh giặc Chiêm ở phía Nam. Nhớ đến công âm phù của thần, vua phong cho là Thượng Đẳng Phúc Thần, được hưởng phụng thờ mãi mãi.

Trải qua các đời vua sau, thần đều phong mỹ tự đồng thời sắc chỉ giao cho khu Thất Ninh, tổng Ninh Bắc sửa sang miếu thờ thật tôn kính. Về sau làm đình, Xá Lại Đại Vương được tôn vinh làm Thành hoàng thứ hai của làng. 

Lễ hội hằng năm được mở hai lần vào ngày mùng 4 Tết và ngày 13 tháng 4 âm lịch.

Đình Yên Ninh đã được Ủy ban nhân dân Thành phố Hà Nội ra quyết định xếp hạng Di tích lịch sử - kiến trúc nghệ thuật năm 2002.