Bên cạnh đó, Tổng cục Thuế nêu một số tồn tại: Công tác tuyên truyền, phổ biến chính sách, pháp luật thuế và hỗ trợ người nộp thuế đã có nhiều tiến bộ; tuy nhiên, về nội dung và phương pháp tuyên truyền vẫn chưa hấp dẫn được NNT; hình thức tuyên truyền vẫn còn đơn điệu; việc hướng dẫn, giải đáp về chính sách và thủ tục hành chính đến người nộp thuế và cơ quan thuế cấp dưới vẫn chưa đảm bảo về thời gian theo quy định.

Tiến độ thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra của toàn ngành trong 6 tháng đầu năm mới chỉ đạt 33,84% kế hoạch. Trong đó, có một số địa phương có tỷ lệ thực hiện thanh tra, kiểm tra đạt rất thấp. Nhân sự làm công tác thanh tra, kiểm tra vẫn còn thiếu. Trình độ năng lực của cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra còn chưa đồng đều, có nơi chưa đáp ứng được yêu cầu đặt ra.

Chức năng, quyền hạn của cơ quan thuế còn hạn chế nên rất khó khăn cho công tác thu thập thông tin để phục vụ có hiệu quả trong công tác quản lý thuế, nhất là trong việc thu thập thông tin ngoài hồ sơ khai thuế để chống thất thu, cưỡng chế thu hồi nợ đọng có hiệu quả.

 Một số nơi vẫn còn một số ít công chức chưa thật sự nêu cao tinh thần trách nhiệm trong thực thi công vụ; chưa chấp hành đúng nội quy, kỷ cương, kỷ luật của ngành; không thường xuyên cập nhật thông tin, trau dồi kiến thức, nhất là cập nhật những nội dung về chính sách, quản lý thuế mới để tự bồi dưỡng bản thân, nâng cao trình độ chuyên môn, rèn luyện phẩm chất đạo đức nhằm đáp ứng yêu cầu công việc.

Với mục tiêu phấn đấu thanh tra, kiểm tra đạt tối thiểu 18,5% số doanh nghiệp đang hoạt động. 6 tháng đầu năm cơ quan thuế các cấp đã thanh tra kiểm tra được 30.189 doanh nghiệp, đạt 33,84% kế hoạch năm, bằng 107,1% cùng kỳ năm 2017; với tổng số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là 5.764,8 tỷ đồng, giảm khấu trừ 508 tỷ đồng, giảm lỗ 9025,7 tỷ. Số tiền thuế nộp vào ngân sách là 2.615,3 tỷ đồng, đạt 45,37% số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra

Trong 6 tháng đầu năm 2018, Tổng cục Thuế đã nghiên cứu để trình các cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung về thể chế, chính sách, các đề án, nhiệm vụ đã đăng ký trong chương trình công tác. Đã tham mưu trình Bộ ký ban hành 2 Thông tư và trình Bộ ban hành 108 văn bản hướng dẫn về chính sách, quản lý thuế. Tổng cục Thuế đã hoàn thành việc xây dựng hồ sơ xây dựng Luật Quản lý thuế sửa đổi và đã được đưa vào chương trình xây dựng Pháp luật của Quốc hội trong năm 2019. Đã xây dựng và trình Chính phủ dự thảo Nghị định về hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.

Tiếp tục triển khai Kế hoạch cải cách quản lý thuế giai đoạn 2016-2020, Kế hoạch cải cách quản lý thuế trung hạn (giai đoạn 2016 - 2018) bằng việc ban hành kế hoạch thực hiện trong năm 2018. Tiếp tục triển khai Hệ thống chỉ số đánh giá hoạt động quản lý thuế và chuẩn bị các công việc cần thiết để đánh giá sự hài lòng của người nộp thuế đối với sự phục vụ của cơ quan thuế các cấp; Triển khai các giải pháp nhằm nâng cao thứ hạng của Việt Nam đối với chỉ tiêu Nộp thuế.

Thời gian tới, ngành Thuế thực hiện tốt chương trình xây dựng thể chế, chính sách pháp luật về thuế để bảo đảm công bằng, chú trọng hiệu quả thu thuế (trong đó, tập trung vào các đề án lớn như: Luật sửa đổi, bổ sung Luật QLT; Luật sửa đổi bổ sung các Luật Thuế GTGT, TTĐB, TNDN, TNCN, TN; Luật thuế tài sản; Nghị định sửa đổi bổ sung về hóa đơn, trong đó có nội dung về hóa đơn điện tử).

Bám sát sự chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Bộ Tài chính và cấp uỷ, Ủy ban nhân dân các cấp, tập trung các giải pháp như: mở rộng cơ sở thuế, tạo chuyển biến rõ nét trong công tác quản lý thu nhất là khu vực kinh tế phi chính thức; tăng cường thanh tra, kiểm tra, chống thất thu, buôn lậu, gian lận thương mại, quản lý chặt chẽ giá tính thuế, chống chuyển giá nhằm phấn đấu tăng thu ngân sách 5% so với dự toán Quốc hội giao.

Quản lý kê khai thuế đảm bảo 100% các tổ chức, cá nhân có hoạt động sản xuất kinh doanh trên địa bàn đều được đưa vào diện quản lý và kê khai nộp thuế. Tổ chức hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện nghĩa vụ kê khai thuế nhằm duy trì chất lượng kê khai và đảm bảo tỷ lệ hồ sơ khai thuế đúng hạn đạt 100% so với số phải kê khai nghĩa vụ thuế theo quy định. Tập trung kiểm tra các tờ khai có sự mâu thuẫn, có dấu hiệu tiềm ẩn kê khai không đủ thuế, rà soát tình hình phát sinh thuế TNDN và lợi nhuận còn lại của năm 2017 để đôn đốc người nộp thuế nộp đúng, đủ và kịp thời các khoản phát sinh phải nộp vào NSNN.

 Triển khai quyết liệt nhiệm vụ công tác thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch; đảm bảo số lượng và chất lượng công tác thanh tra, kiểm tra. Tổ chức thanh tra, kiểm tra chuyên sâu theo từng ngành, từng lĩnh vực trọng điểm và các mặt hàng nhạy cảm, tập trung vào các lĩnh vực còn thất thu như: thanh tra hoạt động chuyển nhượng vốn, giao dịch liên kết, thương mại điện tử, khai thác khoáng sản...