Thời Lý, năm 1016, chỉ 6 năm sau khi dời đô vử Thăng Long, Thái Tổ Hoà ng đế Lý Công Uẩn chuẩn tấu cho dân xây dựng chùa Thiên Đức thuộc hương Siêu loại, phủ Thuận An, lộ Bắc Giang hạ nên chùa có tên là Thiên Đức Tự. Đến thời Lý Thánh Tông, sau khi cầu tự sinh được Lý Nhân Tông, Nguyên phu ử¶ Lan mừng rỡ cho đổi tên ngôi chùa nằm bên dòng sông Thiên Đức nà y thà nh Sùng Phúc Tự. Năm 1068, hương Thổ Lỗi đổi thà nh hương Siêu Loại, do đó chùa còn có tên gọi là chùa Siêu Loại.
Thời Trần, chùa Siêu Loại do Thiửn sư Trí Thông trụ trì, vua Trần Nhân Tông đã từng đến thăm và đà m đạo tại chùa. Tháng 8 năm 1299, vua Trần Nhân Tông chính thức xuất gia tại chùa Hoa Yên, núi Yên Tử lấy pháp hiệu là Hương Vân Đầu Đà , sau đổi là Trúc Lâm Đầu Đà và xây dựng một giáo hội mới mà sau nà y các nhà nghiên cứu gọi là Thiửn phái Trúc Lâm. Chùa Siêu Loại đã được Thiửn sư Trí Thông hiến cho Thiửn phái Trúc Lâm mang tên chùa Báo à‚n và trở thà nh một cơ sở của Thiửn phái nà y trong các mùa kiết hạ hằng năm.
Năm 1304, nhà sư Pháp Loa được lập là m giảng chủ chùa Báo à‚n. Ngà y mồng một tết Mậu Thân năm 1308, Trúc Lâm chính thức uỷ cho Tôn giả Pháp Loa trụ trì chùa Báo à‚n và vị trí Đệ nhị Trúc Lâm tổ dưới sự chứng kiến của hoà ng gia triửu Trần đứng đầu là vua Trần Anh Tông.
Theo tà i liệu thực địa, sông Thiên Đức xưa tách nguồn từ sông Hồng, bắt nguồn từ đầm ài Mộ, xã Yên Viên, uốn mình chảy qua địa bà n các xã bắc Đuống huyện Gia Lâm rồi xuống các xã Đặng Xá, Phú Thuửµ, Dương Quang, Dương Xá, xuôi xuống sông Như Quử³nh. Xưa kia, con sông nà y có vai trò rất quan trọng, vừa là m đường giao thông vừa để lấy nước tưới cho đồng ruộng. Ở và o vị trí đó, chùa Thiên Đức Tự-Sùng Phúc Tự-Siêu loại, Báo à‚n hội tụ nhiửu điửu kiện đã trở thà nh một trung tâm Phật giáo quan trọng theo suốt chiửu dà i lịch sử.
Chùa Báo à‚n hội tụ nhiửu điửu kiện trở thà nh trung tâm Phật giáo quan trọng theo suất chiửu dà i lịch sử
Trong thời kì Pháp Loa đứng đầu giáo hội, Thiửn phái Trúc Lâm có sự phát triển mạnh mẽ. Trong 19 năm, Ngà i cho dựng hơn 800 ngôi chùa lớn (Trúc Lâm tông chỉ nguyên thanh), đặc biệt chùa Báo à‚n nơi ông trụ trì được xây dựng mở rộng thà nh trung tâm Phật giáo lớn. Được sự ủng hộ của hoà ng gia cùng tăng ni phật tử vử vật chất: năm 1312, vua Trần cúng dường 5 vạn quan tiửn, cúng 500 mẫu ruộng của Niệm từ Trang và o chùa là m bất động sản... Năm 1313, theo di chiếu của Trần Nhân Tông, vua Anh Tông lấy đồ vật thử tự tam bảo của mẹ mà cúng và o chùa Báo à‚n, lại cúng dường vật liệu xây dựng và cung cấp thợ phu để là m thêm chùa tháp. Cùng năm đó Bảo từ Hoà ng Thái Hậu cúng và o chùa 300 mẫu gia điửn. Năm 1315, Anh Tông lấy 30 mẫu ruộng của người cung nhân cũ họ Phạm cúng và o chùa, v.v... Những sự ủng hộ đó đã dần tạo điửu kiện cho Pháp Loa dương danh phát triển Thiửn phái Trúc Lâm trên vùng đất truyửn thống của nhiửu thiửn phái đạo Phật khác. Năm 1314, tại chùa Báo à‚n, Pháp Loa đã xây tới 33 cơ sở trong đó có Phật điện tà ng kinh và Tăng đường, mời hai vị sư huynh là Tông Cảnh, Bảo Phác vử chùa Siêu Loại mở những lớp vử Tứ phần luật cho tăng sĩ và in 5.000 bản Tứ phần luật phát cho các tăng sinh. Chùa Báo à‚n còn là cơ sở in ấn kinh sách lớn nhất thời bấy giử. Nhử có bản gỗ tà ng trữ tại chùa Báo à‚n nên kinh sách được ấn hà nh rộng rãi, cung cấp đầy đủ cho nhu cầu học Phật trong khắp xứ.
Chùa Báo à‚n đã trở thà nh cơ sở đà o tạo tăng sĩ, phật tử lớn, góp phần khẳng định vai trò quan trọng của Thiửn phái Trúc Lâm trong đời sống xã hội Việt Nam đương thời. Đây đã trở thà nh nơi xuất gia của nhiửu người trong hoà ng tộc. Hoà ng Thái hậu đã quy y tại chùa... Năm 1323, Văn Huệ Vương và Uy Huệ Vương đến chùa Báo à‚n xin thụ Bồ Đử tam giới và Phát Quán đỉnh.
Nằm trên vùng đất có bử dà y truyửn thống của đạo Phật với nhiửu trung tâm lớn của nhiửu thiửn phái khác nhau: Thiửn phái Tử³ Ni Đa Lưu Chi với trung tâm chùa Pháp Vân nổi tiếng, Thiửn phái Vô Ngôn Thông với trung tâm chùa Kiến Sơ đửu nằm cách không xa chùa Báo à‚n (gần 10 km theo đường chim bay), việc Thiửn sư Trí Thông trụ trì chùa Siêu Loại hiến chùa cho Thiửn phái Trúc Lâm “ một tông phái đử cao tinh thần dân tộc - để biến nơi đây thà nh trung tâm Phật giáo lớn đã khẳng định sự nhập thế của đạo Phật hòa đồng với tinh thần độc lập dân tộc là nét nổi trội trong lịch sử Phật giáo, văn hóa đời Trần. Chùa Báo à‚n là một trong những di tích hiện còn minh chứng cho một thời kì lịch sử sống động huy hoà ng đó.
Sang thời Lê, theo bi kí hiện còn lại trong chùa, năm Long Đức nhị niên (1630) dòng họ chúa Trịnh gồm Ngọc tử họ Trịnh cùng các quận công, đô đốc tướng quân, đô đốc phủ ... đã bử tiửn ra tu sửa chùa để lấy phúc cho dòng họ (Báo à‚n đại thiửn tự bi kí). Theo nội dung văn bia cho biết lịch sử ngôi chùa cùng những lần trùng tu tôn tạo và khẳng định đây là lần trùng tu sửa chữa lớn chùa Báo à‚n, sửa chữa tam quan, bái đường, thiêu hương, lầu chuông, gác trống, tô tượng, lập bi kí để truyửn lại cho hậu thế. Nhiửu năm sau đó, chùa Báo à‚n liên tục được trùng tu sửa chữa: năm Cảnh Hưng thứ 10 (1750), năm Thà nh Thái thứ 4 (1892), sửa chữa tiửn đường, phật điện (Trùng tu Báo à‚n tự bi kí), năm Minh Mạng thứ 4 (1824) đúc lại chuông chùa (Báo à‚n tự chung), v.v...
Như vậy, theo dòng thòi gian, chùa Báo à‚n hội tụ nhiửu điửu kiện để trở thà nh một trung tâm Phật giáo quan trọng theo suốt chiửu dà i lịch sử, đặc biệt phát triển rực rỡ trong giai đoạn Phật giáo thời Trần, là một trong những quần thể di tích có giá trị lịch sử và văn hóa qua các triửu đại Lý-Trần-Lê-Nguyễn.
Hiện giử, các cụ già địa phương còn kể lại, trước năm 1946, quy mô chùa Báo à‚n còn nguy nga tráng lệ, là trung tâm Phật giáo lớn, một danh lam thắng cảnh nổi tiếng trong vùng. Trải qua hai cuộc chiến tranh cùng những biến cố xã hội, chùa bị phá dỡ, những hiện vật liên quan thuộc chùa cũng được thu gom chuyển và o ngôi đửn thử vua Trần Nhân Tông bên cạnh. Vị trí ngôi chùa lùi vử chức năng ngôi chùa là ng bình dị và dần bị lãng quên.
Hiện nay, ngôi chùa lùi vử chức năng ngôi chùa là ng bình dị và dần bị lãng quên
Trong dịp kỷ niệm Thăng Long “ Hà Nội ngà n năm tuổi (1010-2010), Bảo tà ng Lịch sử Việt Nam đã tiến hà nh điửu tra và khai quật khảo cổ nhiửu điểm thuộc các quận, huyện nội - ngoại thà nh Hà Nội trong đó di tích kiến trúc thời Trần ở chùa Báo à‚n . Qua 3 lần khảo sát và khai quật khảo cổ, những vết tích tồn tại của ngôi chùa qua các thời kử³ lịch sử đã được phát lộ với các lớp kiến trúc dưới các triửu đại Trần - Lê - Nguyễn. Ở độ sâu từ 1,2-1,6m của hố khai quật các nhà khảo cổ học đã phát hiện dấu tích móng chùa, một số lượng lớn vật liệu xây dựng và những trang trí kiến trúc thời Trần. Phía trên lớp kiến trúc thời Trần là vết tích móng thời Lê Trung Hưng thế kỷ 18, nằm ở độ sâu trung bình 1m so với mặt bằng hiện tại. Lớp kiến trúc thời Nguyễn thế kỷ 18-19 đã bị phá hủy gần như hoà n toà n do người dân khu vực nà y khai thác đất là m gạch trong những năm gần đây. Việc bóc tách những lớp địa tầng và những di vật tìm thấy trong di chỉ khảo cổ học nà y đã khẳng định rằng chùa Báo à‚n được xây dựng từ thời Trần và o khoảng thế kỷ 13-14, sau đó được tu bổ và xây dựng lại trên cơ sở chùa cũ và o thế kỷ 17-18 .
Như vậy, từ khảo sát, khai quật khảo cổ học đến sử sách và những gì truyửn tụng trong dân gian qua truyửn thuyết, chúng ta đã có thể khẳng định rằng đây là một trong những trung tâm thiửn nổi tiếng thời Trần nằm ở ngoại vi thà nh Thăng Long xưa có vị trí địa lý đặc biệt quan trọng, là một trong những con đường hà nh hương vử đất Phật Yên Tử - nơi vua Trần Nhân Tông trong quá trình tu hà nh của mình đã sáng lập ra một thiửn phái nổi tiếng trong lịch sử Phật giáo Việt Nam - Thiửn phái Trúc Lâm.
Trải qua sự khắc nghiệt của thời gian và những biến cố thăng trầm lịch sử, chùa Báo à‚n đang có nguy cơ trở thà nh phế tích hoà n toà n nếu không được hưng công tu tạo kịp thời. Tuy ngôi chùa đã xuống cấp nghiêm trọng, nhưng nhân dân vẫn còn giữ được pho tượng Điửu Ngự Giác Hoà ng -Trần Nhân Tông rất quý cùng các pho tượng trong Tam Bảo Phật như: bộ tượng Tam thế, tượng Di Đà tam tôn, tượng Quan à‚m chuẩn đử, tượng sư tổ Bồ Đử Đạt Ma, tượng A Di Đà , cùng các tượng liên quan đến Phật giáo. Vườn chùa còn khá nhiửu bia, đáng chú ý là hai bia dựng năm Long Đức và Chính Hồ nhị niên ghi vử lịch sử và những lần tôn tạo sửa chữa lớn ngôi chùa.