Tục truyền rằng, Hai Bà Trưng (hay còn gọi là Trưng Trắc và Trưng Nhị), là hai chị em sinh đôi, con gái lạc tướng Hùng Định, mẹ là bà Man Thiện. Quê hương Hai Bà ở Mê Linh, tỉnh Vĩnh Phúc. Chồng Trưng Trắc là Thi Sách, con trai Lạc tướng huyện Chu Diên. Hai gia đình Lạc tướng đang cùng nhau mưu toan nghiệp lớn thì Thi Sách bị Thái thú Tô Định giết chết, hành vi bạo ngược đó như lửa cháy lại đổ thêm dầu càng làm cho Trưng Trắc thêm quyết tâm đánh đổ chính quyền đô hộ để “Đền nợ nước, trả thù nhà”.
Ngày 4 tháng 9 năm 40 (thế kỷ I sau Công nguyên), Hai Bà Trưng lập đàn tế cờ khao quân tại bãi Tràng Sa ở cửa sông Hát (thuộc Hát Môn, Phúc Thọ ngày nay).
Mùa xuân năm Canh Tý (40), quân của Hai Bà Trưng rầm rộ tiến quân về đánh chiếm đô uý trị của giặc ở Luy Lâu (Thuận Thành, Bắc Ninh ngày nay). Quân ta đi đến đâu đều được nhân dân ủng hộ, tiếp ứng quân lương, thế nghĩa quân mạnh như chẻ tre, hơn 1 tháng đã thu phục được 65 thành, trì. Nền độc lập được khôi phục. Bà Trưng Trắc được tướng sĩ suy tôn làm vua hiệu là Trưng Nữ Vương, định đô ở Mê Linh. Bà Trưng Nhị được phong Bình Khôi công chúa đóng ở Thành Dền. Suy tôn mẹ là Man hoàng hậu. Ba năm sau, vua Hán Quang Vũ sai Mã Viện đem hai vạn quân cùng hai nghìn thuyền, xe ồ ạt kéo sang xâm lược nước ta lần nữa. Hai Bà cho quân chặn đánh ở Lãng Bạc, quân ta chiến đấu vô cùng dũng cảm. Song vì lực lượng đổi bên quá chênh lệch, quân của Hai Bà bị thiệt hại nặng, phải rút về căn cứ Cấm Khê (Đại Tự, Yên Lạc, tỉnh Vĩnh Phúc) quyết chiến với giặc. Sau một hồi giao tranh, Hai Bà phá vòng vây cùng một số tướng lĩnh tuỳ tùng chạy về bãi Tràng Sa - nơi năm xưa làm lễ tế trời đất. Truyền thuyết kể rằng, Hai Bà thấy có một quán nước nhỏ liền dừng lại ăn mỗi người một bát bánh, một quả muỗm. Vừa ăn xong chưa biết nên đi về phương nào thì bà hàng nước quỳ xuống thưa: “Nhà vua nên bảo toàn danh tiết”. Thấy lạ, Hai Bà biết bà hàng nước không phải người dân thường. Bỗng trời nổi cơn giông, mây đen ùn ùn kéo đến, cát bay mù mịt mặt sông, sóng cuồn cuộn gào thét. Hai Bà gieo mình xuống dòng sông Hát tự vẫn. Hôm đó là ngày mồng 6 tháng 3 năm 43 (thế kỷ I sau Công nguyên).
Ghi nhớ công ơn Hai Bà, nhân dân địa phương đã lập đền thờ Hai Bà ngay trên mảnh đất thiêng liêng ấy và lấy hạt muỗm (hạt Hai Bà đã ăn) gieo xuống đất làm hướng. Đến thời Hậu Lê, đền được Quận công Nguyễn Ngọc Trì hưng công tu tạo. Hiện nay di tích gồm các hạng mục công trình: Cổng Ngọ môn, Quán tiên (thờ Tiên Nương - giúp Hai Bà lưu lại tiếng thơm), cổng Tam quan và Đền chính (thờ Hai Bà). Hệ thống kiến trúc ở đây rất đơn giản, chủ yếu đóng bén bào trơn, mộng mạng chặt chẽ, tường hồi bít đốc, kết cấu kiểu chồng rường giá chiêng. Nghệ thuật điêu khắc, phong cách trang trí chủ yếu được thể hiện qua các di vật hiện còn lưu giữ tại đền: Tượng Hai Bà sơn son thếp vàng trong tư thế thiết triều, đầu đội mũ thiết trụ, mặc áo long bào, nét mặt trang nghiêm, đôi mắt hiền từ... Bức hoành phi khắc 4 chữ “Lạc Hùng chính thống” (biểu dương sự nghiệp của Hai Bà đã nối lại nền chính thống của các vua Hùng ngày trước). Đôi câu đối ca ngợi công đức của Hai Bà. Hai bộ kiệu bát cống mang phong cách nghệ thuật điêu khắc gỗ vùng xứ Đoài thế kỷ XVII. Ba hương án, trang trí đề tài tứ linh, hổ phù, hoa chanh. 22 đạo sắc phong, đôi sấu đá và rất nhiều đồ thờ tự có giá trị khác. Đặc biệt, tất cả các đồ thờ tự trong đền như hoành phi, câu đối, hương án, long kiệu... đều sơn màu đen, cho ta chấp nhận một giả thuyết Hai Bà Trưng chết vì gươm đao, khác với ngọc phả ở đây ghi Hai Bà Trưng tự vẫn ở Hát Môn.
Hàng năm, đền có 3 ngày lễ chính tính theo âm lịch: Ngày 6 tháng 3, ngày hoá của Hai Bà, ngày 4 tháng 9 ngày tế cờ khao quân, ngày 24 tháng 12 lễ rước mộc dục.
Đền Hát Môn đã được Bộ Văn hoá và Thông tin xếp hạng di tích lịch sử, kiến trúc nghệ thuật năm 1964.
Theo Hà Nội Danh thắng và Di tích tập 01