Phía Nam bao gồm huyện Thường Tín và Phú Xuyên sẽ ưu tiên phát triển các ngành công nghiệp sinh học phục vụ nông nghiệp (nông nghiệp công nghệ cao), chế biến nông sản công nghệ hiện đại với nguyên liệu đầu vào từ vùng phát triến nông nghiệp thuộc các tỉnh phía Nam Hà Nội; phát triến công nghiệp hỗ trợ (dệt may, da giày, cơ khí chế tạo, điện tử tin học, sản xuất và lắp ráp ô tô)... ; phát triển hành lang kinh tế Bắc Nam dọc quốc lộ 1A.
Phía Tây (khu vực Hoà Lạc, Xuân Mai, Miếu Môn) sẽ ưu tiên phát triển các ngành công nghiệp chủ lực là công nghiệp sinh học phục vụ nông nghiệp, hóa dược - mỹ phẩm, công nghệ điện tử, cơ khí chính xác, công nghệ vật liệu mới, công nghệ nano, công nghệ năng lượng mới, vật liệu xây dựng, nội thất cao cấp... Gắn với phát triển Vùng kinh tế Tây Bắc và đường Hồ Chí Minh.
Đối với các cụm công nghiệp mang đặc thù tiểu thủ công nghiệp làng nghề, không gian, quỹ đất phát triển các cụm công nghiệp bố trí xen lẫn trong các không gian phát triển các loại hình khác do đặc thù sản xuất công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp tại các làng nghề có mối quan hệ hữu cơ với sản xuất nông nghiệp, đời sống sinh hoạt của Nhân dân tại các làng nghề do vậy không thể bố trí không gian quy hoạch phát triển các cụm công nghiệp với quy mô lớn như loại hình cụm công nghiệp tập trung.
Đối với các cụm công nghiệp nằm trong vành đai xanh, định hướng tiếp tục phát triển có chọn lọc một số cụm công nghiệp để bảo tồn, phát triển nghề truyền thống, phục vụ mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo đời sống dân sinh, kết hợp du lịch; Phát triển có tính quá độ (có thời hạn), có kiểm soát, đặc biệt là kiểm soát mạnh về môi trường, theo tiêu chuẩn “Vành đai xanh” của TP; Các cụm công nghiệp này sẽ chuyển đổi mục đích ban đầu khi tự thân không còn hiệu quả kinh tế - xã hội.