Bên cạnh đó, đang hoàn thiện các quy trình vận hành, bảo trì, hệ thống quy trình quản lý an toàn vận hành; đánh giá an toàn hệ thống cơ bản hoàn thành cho phần xây dựng, đang tiếp tục đánh giá các hạng mục còn lại; đã hoàn thành đào tạo lý thuyết và phần thực hành các chuyên ngành vận hành, đang hướng dẫn duy tu bảo dưỡng cho từng loại thiết bị cụ thể tại hiện trường.
TP Hà Nội đã thành lập công ty tiếp nhận, vận hành sau bàn giao và đã có kế hoạch điều chỉnh các tuyến xe buýt khi tiến hành khai thác thương mại để thuận tiện kết nối; Bộ GTVT và TP Hà Nội đã thống nhất nguyên tắc bàn giao, vận hành ngay khi đủ điều kiện.
Tuy nhiên, khi thực hiện có nhiều yếu tố tác động như GPMB (động thổ vào tháng 4/2010 và đến cuối tháng 4/2015 mới có mặt bằng sạch), công địa khảo sát để thiết kế, quy trình thủ tục có sự khác biệt (giữa Việt Nam và Trung Quốc) nên thời gian thực hiện Dự án đã bị kéo dài.
Trên cơ sở cam kết của Tổng thầu, Bộ GTVT đã báo cáo và được sự đồng ý của Chính phủ, dự án điều chỉnh hoàn thành trong quý IV/2018 và vận hành chạy thử từ 3 - 6 tháng đến hết 31/3/2019.
Đến nay, dự án vẫn chưa thể hoàn thành, bàn giao vào khai thác thương mại do còn một số tồn tại chính chưa được hoàn thiện như chưa hoàn thành công tác chỉnh trang, hoàn thiện mỹ quan, khắc phục tồn tại kiến trúc các nhà ga, khu depot, hoàn chỉnh hồ sơ hoàn công, thủ tục nghiệm thu.
Các thiết bị đã lắp đặt Tổng thầu chưa cung cấp được đầy đủ các chứng chỉ, hồ sơ... để hoàn tất đánh giá an toàn hệ thống. Chưa hoàn thành đề cương vận hành thử toàn hệ thống để cho tất cả các đoàn tàu chạy thử (thông tin tín hiệu, hệ thống bán vé...) để đồng bộ hóa làm cơ sở kiểm chứng hoạt động của thiết bị và đánh giá độ sẵn sàng của hệ thống, nhân sự vận hành.
Chưa bổ sung đủ hồ sơ quản lý chất lượng nên Tư vấn độc lập đánh giá an toàn hệ thống (Công ty Tư vấn ACT của Pháp) chưa có đủ cơ sở xác định mức độ an toàn của toàn hệ thống và chưa đủ điều kiện để cấp chứng nhận an toàn hệ thống theo quy định.
Từ tháng 4/2019 đến nay, Bộ trưởng Bộ GTVT cũng gặp và làm việc trực tiếp với lãnh đạo cấp cao của Tổng thầu, các cơ quan ngoại giao phía bạn trong đó có Đại sứ quán Trung Quốc tại Việt Nam để đôn đốc Tổng thầu khẩn trương hoàn thiện các vấn đề tồn đọng. Các nguyên nhân tồn tại, khó khăn, vướng mắc dẫn đến chưa vận hành, khai thác thương mại dự án đã được Thủ tướng Chính phủ giao Bộ GTVT chủ động xử lý dứt điểm theo thẩm quyền hoặc đề xuất cấp có thẩm quyền giải quyết.
Tuy nhiên quá trình làm việc của Bộ GTVT, Ban Quản lý dự án đường sắt với Tổng thầu chưa đạt được kết quả, đặc biệt là công tác tập hợp hồ sơ của Tổng thầu chưa đáp ứng yêu cầu. Tổng thầu có dự kiến tiến độ hoàn thành nhưng theo đánh giá của Bộ GTVT là chưa khả thi, Bộ đang yêu cầu Tổng thầu khẩn trương lập kế hoạch chi tiết cụ thể đối với từng hạng mục còn lại để xác định thời gian hoàn thành dự án sớm nhất. Sau khi chốt được mốc hoàn thành, Bộ GTVT sẽ báo cáo cấp thẩm quyền cũng như thông tin kịp thời đến các cơ quan báo chí.
Trong thời gian gần đây, trên các phương tiện thông tin đại chúng có thông tin về Kết luận của Kiểm toán Nhà nước khi tiến hành kiểm toán dự án từ tháng 9/2018 đến tháng 11/2018. Tuy nhiên, do tính chất của dự án và các điều kiện khách quan như quy định của Việt Nam về hợp đồng trọn gói EPC khác biệt với thông lệ quốc tế; chậm trễ trong công tác GPMB dẫn đến không thể thực hiện hoàn thành công tác khảo sát thiết kế, lập tổng dự toán để làm cơ sở xác định giá trị trọn gói ngay từ đầu...
Vì vậy, từ khi khởi công dự án đến cuối năm 2015, Chủ đầu tư phải thực hiện hình thức duyệt, tạm duyệt dự toán để có cơ sở cho việc thực hiện một số hạng mục xây lắp và để tạm thanh toán giá trị khối lượng cho Tổng thầu để thúc đẩy tiến độ dự án trong giai đoạn này. Do quy định của Việt Nam và Trung Quốc có nhiều khác biệt về thiết kế, đơn giá định mức để lập dự toán chưa đầy đủ, văn bản hướng dẫn áp dụng chính sách chậm ban hành, dẫn đến quá trình thực hiện còn có sai sót, tồn tại đã được Kiểm toán Nhà nước chỉ ra. Bộ GTVT đã có báo cáo, giải trình với KTNN và sẽ nghiêm túc thực hiện các kết luận mà KTNN đã nêu ra, đồng thời sẽ tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ các nội dung vượt thẩm quyền.
Bộ GTVT đã và đang rà soát, xác định trách nhiệm các tập thể, cá nhân có liên quan đến các nội dung theo kiến nghị kiểm toán và tiếp tục thực hiện công tác kiểm điểm, xử lý trách nhiệm các cá nhân, tập thể có liên quan.