Theo Bí thư Thành ủy Hà Nội Đinh Tiến Dũng, dự án Yên Xá không chỉ có ý nghĩa về việc đạt chỉ tiêu xử lý nước thải của thành phố mà còn góp phần rất quan trọng trong việc làm sạch các con sông quan trọng của Thủ đô như sông Tô Lịch, sông Lừ, sông Sét, cũng như phục vụ cho gần 1 triệu dân trong phạm vi 6 quận nội thành và huyện Thanh Trì.