Theo quyết định số 528/QĐ-TTCP ngày 19/3/2015 của Tổng thanh tra Chính phủ, Thanh tra Chính phủ đã kiểm tra tất cả các dự án trên địa bàn thành phố Hà Nội trong đó có dự án Khu đô thị mới Kim Văn - Kim Lũ tại phường Đại Kim, quận Hoàng Mai, thành phố Hà Nội do Công ty CPXD số 2 làm chủ đầu tư, thời điểm thực hiện thanh tra dự án là tháng 10-11/2015. Vinaconex 2 cho biết, Công ty chưa nhận được kết luận chính thức của Thanh tra Chính phủ về dự án.
Trong công văn gửi UBND TP. Hà Nội, Vinaconex 2 đã làm rõ việc xác định tiền sử dụng đất và số tiền sử dụng đất Công ty phải nộp.
Cụ thể, ngay sau khi được UBND Thành phố cho phép làm chủ đầu tư (theo quyết định số 5309/QĐ-UBND ngày 14/10/2009) và giao đất để thực hiện dự án (theo quyết định số 1156/QĐ-UBND ngày 12/3/2010), Vinaconex 2 đã tiến hành ngay công tác giải phóng mặt bằng (bắt đầu từ tháng 12/2010) và xây dựng hạ tầng kỹ thuật dự án (bắt đầu từ tháng 8/2011).
Đến tháng 5/2012, hệ thống hạ tầng kỹ thuật dự án trên diện tích được giải phóng mặt bằng đã hoàn thành về cơ bản. Công ty Vinaconex 2 lập hồ sơ trình Sở Tài chính và Liên ngành thông qua suất đầu tư tạm tính của dự án và được UBND Thành phố Hà Nội phê duyệt tại quyết định số 6597/UBND-KT ngày 9/9/2013.
Mặt khác, quy hoạch chi tiết 1/500 dự án được phê duyệt từ năm 2007 không còn phù hợp, cần điều chỉnh để phù hợp với Quy hoạch chung xây dựng thủ đô Hà Nội đến năm 2030 và tầm nhìn đến năm 2050 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Đồng thời, một số ô đất thuộc khu đô thị Kim Văn – Kim Lũ (ô đất CT1 xây dựng nhà ở cao tầng, ô đất PT, TH xây dựng trường học, ô đất NT xây dựng trường mầm non) đã được UBND Thành phố Hà Nội phê duyệt cho phép điều chỉnh quy hoạch chi tiết 1/500 cần cập nhật vào quy hoạch chung tổng thể dự án.
Trên cơ sở hướng dẫn của các sở ban ngành chuyên môn, Công ty đã lập hồ sơ xin điều chỉnh quy hoạch chi tiết 1/500 tổng thể dự án trình Sở Quy hoạch kiến trúc và UBND Thành phố Hà Nội phê duyệt. Đến ngày 10/3/2014, UBND Thành phố Hà Nội có quyết định số 1360/QĐ-UBND phê duyệt điều chỉnh tổng thể quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/500 dự án.
Sau khi hoàn thành công tác trên, Công ty đã đẩy nhanh tiến độ làm việc với đơn vị tư vấn, Sở ban ngành có liên quan để xác định tiền thuế sử dụng đất của dự án. Nhưng do có sự thay đổi về đơn vị chủ trì xác định tiền thuế sử dụng đất từ Sở Tài chính sang Sở Tài nguyên và Môi trường, phương pháp và cơ sở xác định tiền thuế sử dụng đất phải theo yêu cầu của Sở Tài nguyên và Môi trường, nên Công ty đã phải tiến hành 2 lần điều chỉnh quyết định giao đất: Quyết định số 63/QĐ-UB ngày 8/1/2015 và Quyết định số 4537/QĐ-UBND ngày 11/9/2015.
Ngày 10/11/2015, UBND Thành phố Hà Nội có văn bản số 7996/UBND-TNMT đồng ý với đề nghị của Sở Tài nguyên và Môi trường tại Văn bản số 6899/STNMT-KTĐ: Cho phép Sở Tài nguyên và Môi trường thực hiện thủ tục xác định giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đối với Công ty cổ phần Xây dựng số 2 đối với phần diện tích thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất còn lại (đã trừ phần diện tích đất đã hợp tác đầu tư với Doanh nghiệp tư nhân xây dựng số 1 tỉnh Điện Biên; sau khi Đoàn thanh tra theo chỉ đạo của UBND Thành phố Hà Nội tại văn bản số 7280/UBND-TNMT ngày 15/10/2015 có kết luận chính thức sẽ xác định nghĩa vụ tài chính đối với phần diện tích đã hợp tác đầu tư với Doanh nghiệp tư nhân xây dựng số 1 tỉnh Điện Biên).
UBND Thành phố Hà Nội đã chỉ đạo và Liên ngành tổ chức nhiều cuộc họp để thẩm định phương án tính tiền sử dụng đất của dự án thực hiện theo đúng quy trình, thủ tục, các bước xác định giá.
Ngày 7/9/2016, UBND Thành phố Hà Nội đã phê duyệt quyết định số 4876/QĐ-UBND về việc phê duyệt giá đất làm căn cứ tính tiền sử dụng đất, tiền thuê đất thực hiện dự án đầu tư xây dựng Khu đô thị mới Kim Văn – Kim Lũ do Công ty cổ phần xây dựng số 2 làm chủ đầu tư, trong đó phê duyệt tiền sử dụng đất của khu đất cao tầng CT2 (diện tích do Vinaconex 2 thực hiện đầu tư 4.974,3 m2) là 199.643.524.408 đồng; Phê duyệt tiền sử dụng đất của khu đất thấp tầng TT2, TT3 (diện tích 7.230,2 m2) là 306.971.295.556 đồng.
Giá trị tiền sử dụng đất được duyệt phù hợp với giá trị sử dụng đất của các lô đất cùng khu vực (hệ số thu tiền sử dụng đất cao tầng được duyệt là 1,62 cao hơn hệ số quy định tại quyết định số 188/QĐ-UBND ngày 14/1/2016 của UBND Thành phố về hệ số điều chỉnh giá đất thửa đất có giá trị dưới 30 tỷ đồng k=1,6).
Vinaconex 2 cho biết, đã rất nỗ lực, cố gắng để đẩy nhanh tiến độ định giá tiền sử dụng đất dự án, luôn liên hệ, bám sát với các sở ban ngành để được hướng dẫn thực hiện, nhưng do quá trình điều chỉnh quyết định giao đất, điều chỉnh quy hoạch dự án nên Công tác định giá tiền sử dụng đất của dự án bị kéo dài.
Theo Quyết định số 4876/QĐ-UBND ngày 7/9/2016 của UBND Thành phố Hà Nội, Thông báo số 23090/TB-CCT ngày 12/09/2016 và Thông báo số 15776/TB/CCT/trB ngày 18/7/2017 của Chi cục thuế quận Hoàng Mai, số tiền sử dụng đất Công ty phải nộp sau khấu trừ giải phóng mặt bằng là 447,867 tỷ đồng.
Tính đến thời điểm này, Công ty đã nộp 377,867 tỷ đồng vào ngân sách nhà nước. Số tiền sử dụng đất còn phải nộp là 70 tỷ đồng.
Hiện Công ty đang bị các chủ đầu tư cấp 2 chiếm dụng vốn số tiền 113,624 tỷ đồng là chi phí giải phóng mặt bằng, hạ tầng kỹ thuật chưa được thanh toán (của các chủ đầu tư cấp 2 là Trung tâm phát triển quỹ đất Hà Nội, đặc biệt Công ty cổ phần Giáo dục Đông Đô 92 tỷ đồng).
Về việc này, Công ty đã gửi nhiều văn bản báo cáo UBND Thành phố Hà Nội, Sở Tài chính, Cục thuế thành phố Hà Nội, UBND quận Hoàng Mai, UBND phường Đại Kim đề nghị giúp đỡ, tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp.
Mặc dù đang gặp khó khăn trong công tác thu hồi vốn đầu tư hạ tầng kỹ thuật dự án Khu đô thị mới Kim Văn – Kim Lũ từ các chủ đầu tư cấp 2, Vinaconex 2 đang nỗ lực để hoàn thành nghĩa vụ tiền sử dụng đất (trong vòng 1 năm Công ty đã huy động và nộp ngân sách số tiền 377,867 tỷ đồng). Số tiền còn lại (70 tỷ đồng), Công ty cam kết hoàn thành nghĩa vụ.
Cũng trong văn bản này, Vinaconex 2 báo cáo thêm về công tác cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho dự án. Trên diện tích ô đất CT2 Công ty đã được phê duyệt tiền sử dụng đất của dự án; gồm 3 tòa cao tầng (B, C,D); trong đó tòa D đã hoàn thành, đưa vào sử dụng và cư dân đã được cấp giấy chứng nhận sở hữu căn hộ; tòa C đã hoàn thành, đưa vào sử dụng (đã được cục PCCC thẩm định cấp giấy chứng nhận, cục Giám định Nhà nước về chất lượng công trình nghiệm thu đưa vào sử dụng), Công ty đang lập hồ sơ trình Sở Tài nguyên và Môi trường chấp thuận; Tòa B đang thi công.
