Tuy nhiên, ông Bùi Tuấn Khải, Chủ tịch Hội Chăn nuôi Hà Nội cho biết, sản xuất nông nghiệp hữu cơ nói chung và chăn nuôi hữu cơ nói riêng mới ở dạng sơ khai, sản xuất nhỏ lẻ, phân tán, năng suất thấp, chưa tạo ra sản phẩm ổn định. Thực trạng này là do sản xuất nông nghiệp, chăn nuôi hữu cơ đòi hỏi yêu cầu tương đối khắt khe như: Đất phải rộng, sạch, không bị ô nhiễm... Mặt khác, nước tưới cho cây trồng hay nước uống của vật nuôi phải là nước tự nhiên và sạch; thức ăn chăn nuôi chủ yếu là tinh bột, rau, củ, quả, không có hóa chất, kháng sinh... Ngoài ra, chăn nuôi hữu cơ đòi hỏi dài ngày, vật nuôi tăng trọng thấp, tiêu tốn nhiều thức ăn và nhân công, chi phí đầu tư lớn nhưng thị trường hạn hẹp, giai đoạn đầu tiêu thụ chậm, hiệu quả thu nhập thấp. Thêm vào đó, người tiêu dùng cũng chưa được quảng bá về lợi ích của thực phẩm hữu cơ, chưa có cơ quan xác nhận thực phẩm hữu cơ đạt tiêu chuẩn theo quy định.
Mặc dù có nhiều thách thức và rủi ro nhưng phát triển chăn nuôi hữu cơ đang là hướng đi đúng vì nhu cầu sử dụng thực phẩm ngon, sạch, chất lượng cao tại Thủ đô ngày càng tăng. Bên cạnh đó, Việt Nam là nước nhiệt đới, thời tiết thuận lợi cho phát triển nông nghiệp quanh năm, nhân công rẻ. Vì vậy, nếu được đầu tư tốt, chuyển giao kỹ thuật chăn nuôi hữu cơ cho nông dân thì sản phẩm hữu cơ có thể sản xuất với giá thành hợp lý, người sản xuất có thu nhập cao so với các phương thức sản xuất thực phẩm khác.
Ông Bùi Tuấn Khải cho rằng, Hà Nội cần hướng dẫn, quảng bá về tiêu chuẩn, điều kiện kỹ thuật của chăn nuôi hữu cơ cho người nông dân hiểu, từ đó họ sẽ chuẩn bị đầy đủ các điều kiện về cơ sở vật chất, kỹ thuật… bảo đảm chăn nuôi hữu cơ có hiệu quả. Cần đẩy mạnh tuyên truyền về lợi ích của việc sử dụng sản phẩm thực phẩm hữu cơ, thông báo rõ sản phẩm có thương hiệu, xuất xứ sản phẩm, nơi bán để người tiêu dùng yên tâm mua và sử dụng. Các cơ quan chức năng cần có quy định cơ quan thẩm định, xác nhận thực phẩm hữu cơ đạt tiêu chuẩn và cho phép lưu hành, giúp đỡ người sản xuất xây dựng thương hiệu, liên kết sản xuất và tiêu thụ sản phẩm.