Trước đó, khoảng 1h ngày 16-6, trên vùng biển Thừa Thiên - Huế cách cảng Chân Mây 10 hải lý, Tổ công tác của Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 2 đã tiến hành kiểm tra tàu Nam Vỹ 79. Tại thời điểm kiểm tra, trên tàu Nam Vỹ 79 có 8 thuyền viên do Đỗ Văn Sơn, sinh năm 1987, làm thuyền trưởng, vận chuyển 2.548 tấn than (phụ phẩm sau chế biến).

Số than này do Công ty cổ phần Sản xuất, Kinh doanh và Dịch vụ Bảo Long (địa chỉ tại huyện Kinh Môn, tỉnh Hải Dương) bán cho Công ty cổ phần Sản xuất vật liệu xây dựng Lộc An (huyện Phú Lộc, tỉnh Thừa Thiên Huế), vận chuyển từ cảng Phú Thái, tỉnh Hải Dương đi cảng Chân Mây, tỉnh Thừa Thiên - Huế.

Qua kiểm tra, Tổ công tác Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 2 phát hiện các giấy tờ về hàng hóa trên tàu Nam Vỹ 79 có nhiều điểm mâu thuẫn; thuyền viên không có bằng hoặc giấy chứng nhận khả năng chuyên môn theo quy định. 

Từ những dấu hiệu vi phạm trên, Tổ công tác của Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 2 đã lập biên bản vi phạm hành chính và ra quyết định tạm giữ tang vật, phương tiện để điều tra, xác minh làm rõ vụ việc.