Sông Cà Lồ trước kia là một nhánh của sông Hồng, tách ra từ xã Trung Hà, huyện Yên Lạc, Vĩnh Phúc. Sau do phù sa bồi lấp cửa sóng nên ngọn nguồn của sông Cà Lồ ngày nay là xã Vạn Yên, huyện Mê Linh, tỉnh Vĩnh Phúc, cách bờ sông Hồng tới vài ba kilômét.