Theo hồ sơ vụ án, hành vi sai phạm của bị can Phan Minh Nguyệt diễn ra trong thời gian làm Chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm Tổng giám đốc Công ty TNHH một thành viên Đầu tư và phát triển nông nghiệp Hà Nội (HADICO), giai đoạn 2005-2014. Trong đó, vi phạm tại Xí nghiệp Vườn quả du lịch Từ Liêm (chi nhánh của HADICO) xảy ra tháng 12-2011. Phan Minh Nguyệt đã đồng ý chủ trương cải tạo một phần khu đất, thực chất phá dỡ khu nhà kho cũ, xây mới 14 gian ki ốt và 114 gian nhà cấp bốn cho cán bộ nhân viên thuê.

Phan Minh Nguyệt đã bàn với Đỗ Văn Hảo (Phó Tổng giám đốc HADICO) và Đặng Thị Thanh Tâm (Giám đốc Xí nghiệp) thu của người thuê nhà 500 triệu đồng/gian, thời gian sử dụng 15 năm, tổng thu hơn 47 tỷ đồng, giao cho Nguyễn Thị Huyền Hảo (Kế toán trưởng HADICO) quản lý, để ngoài sổ sách. Hành vi này được cho là lợi dụng chức vụ, quyền hạn làm trái công vụ, vi phạm quy định Luật Đất đai, Luật Xây dựng, tạo nguồn thu bất hợp pháp.

Ngoài hành vi trên, cơ quan công tố cáo buộc năm 2010 - 2011, HADICO đầu tư nhiều dự án, trong đó có Dự án đầu tư xây dựng cơ sở ứng dụng công nghệ cao trong sản xuất, bảo quản hoa phục vụ phát triển vùng hoa Tây Tựu; Dự án làm hàng rào tại Xí nghiệp Vườn quả du lịch Từ Liêm... Khi đó, bị can Nguyệt có chủ trương yêu cầu các nhà thầu thi công trích nộp lại 2,3 tỷ đồng để HADICO sử dụng. Số tiền này để ngoài sổ sách, thực chất phục vụ mục đích cá nhân của bị can. Bị can còn bị cáo buộc có sai phạm ở dự án cải tạo Khu tập thể Lĩnh Nam do Xí nghiệp Thanh Trì quản lý khi tự quyết định cho thuê một số nhà, thu 2,3 tỷ đồng để ngoài sổ sách, chi gần 19 tỷ đồng cho mục đích cá nhân.

Về tội danh “tham ô tài sản”, cơ quan công tố cho rằng, từ cuối năm 2009 đến 2014, Phan Minh Nguyệt chỉ đạo kế toán trưởng, giám đốc các xí nghiệp thành viên và cán bộ dưới quyền lập khống chứng từ, rút tiền từ nguồn vốn phục vụ sản xuất và bình ổn giá của HADICO. Tổng số tiền cấp dưới đã rút từ công ty đưa cho Nguyệt là hơn 40 tỷ đồng. 

Sau khi hoàn trả cho công ty gần 26 tỷ đồng, bị can bị cáo buộc tham ô gần 15 tỷ đồng của HADICO. Đến nay, gia đình bị can đã khắc phục hết. Hiện, công ty chỉ còn thiệt hại gần 1,9 tỷ đồng tiền lãi từ khoản vay 19 tỷ đồng của ngân hàng…