Trước đó, ngày 31-8, VKSND tỉnh Phú Thọ ban hành cáo trạng truy tố 92 bị can trong vụ án này. Tuy nhiên, do sơ suất trong quá trình soạn thảo văn bản, cáo trạng có sai sót trùng lắp nên VKSND tỉnh Phú Thọ quyết định đính chính lại cáo trạng.
Theo đó, cáo trạng sẽ không đưa tên bị can Nguyễn Duy Thịnh vào phần quyết định truy tố (trang 234) do đã tạm đình chỉ điều tra bị can (Nguyễn Duy Thịnh bỏ trốn, đang bị truy nã, chưa bắt được). Ngoài ra, không đưa tên bị can Trần Viết Trường trong mục truy tố "Về tội Tổ chức đánh bạc, theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 249 Bộ Luật Hình sự năm 1999, được sửa đổi, bổ sung năm 2009" (trang 234) vì đã bị truy tố về 2 tội Tổ chức đánh bạc và Đánh bạc được xác định tại trang 233 của cáo trạng.
Cáo trạng bổ sung thêm 2 bị can là Nguyễn Đình Chiến và Hoàng Thị Hà vào mục: về tội Mua bán trái phép hóa đơn, theo điểm d, đ khoản 2 Điều 203 Bộ Luật Hình sự năm 2015, được sửa đổi bổ sung năm 2017…" ( trang 234) vì đã được quy kết tội trạng trong phần kết luận và nêu ở phần lý lịch bị can.
Theo cáo trạng, bị can Phan Văn Vĩnh, Nguyễn Thanh Hóa bị truy tố về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, theo khoản 2, Điều 356, Bộ Luật Hình sự 2015 với khung hình phạt từ 5 đến 10 năm tù. 90 người còn lại trong vụ án liên quan đường dây đánh bạc ngàn tỉ qua mạng bị truy tố về các tội Tổ chức đánh bạc, Đánh bạc, Sử dụng mạng internet thực hiện hành vi chiếm đoạt tài sản…
Theo cáo trạng, ngày 30-9-2011, Nguyễn Văn Dương thành lập Công ty CNC. Ngày 10-10-2011, Dương và ông Nguyễn Thanh Hóa, cựu cục trưởng Cảnh sát phòng chống tội phạm sử dụng công nghệ cao (C50), đã ký bản ghi nhớ về hợp tác kinh doanh về việc CNC hưởng 80% lợi nhuận, C50 nhận 20%. Tuy nhiên, C50 không góp vốn cũng như không cử cán bộ tham gia vào công ty này mà để Dương tự quyết.
Ngày 20-5-2016, ông Hóa báo cáo Công ty CNC vận hành 2 cổng game Rikvip và 23zdo hoạt động chui. Ông Vĩnh đã chỉ đạo xây dựng văn bản để gửi lãnh đạo Bộ Công an và Bộ Thông tin và Truyền thông, hợp thức hóa. Theo cáo buộc, chưa có ý kiến của bộ trưởng, nhưng cùng ngày ông Vĩnh đã ký công văn gửi Bộ Thông tin và Truyền thông đề nghị cấp giấy phép cho CNC và Dương gửi công văn này đi.
Trong khi đó, Bộ trưởng Bộ Công an không đồng ý và cho ý kiến chỉ đạo: "Tổng cục Cảnh sát đề xuất công tác quản lý và đấu tranh với loại tội phạm này trên mạng".
Theo cơ quan điều tra, Dương khai đã biếu ông Vĩnh đồng hồ Rolex, 27 tỉ đồng và 1,75 triệu USD. Dương còn nhiều lần tổ chức sinh nhật cho ông Vĩnh, mang rượu ngoại có giá 100 triệu đồng/chai đến phục vụ, tặng quà mỗi lần đi nước ngoài về. Dương cũng khai biếu ông Hóa 22 tỉ đồng. Những hành vi này, cơ quan chức năng tách riêng để điều tra, sẽ xử lý khi có đủ căn cứ.
Mặc dù ông Phan Văn Vĩnh khai đây là vật nhờ mua và đã trả 1,1 tỉ đồng, song VKS cho rằng không có cơ sở. Bởi lương của ông Vĩnh khoảng 20 triệu đồng/tháng, để mua món đồ hàng hiệu này, ông sẽ mất 5 năm thu nhập, không chi tiêu gì.
Cơ quan công tố tỉnh Phú Thọ cho rằng hành vi của ông Phan Văn Vĩnh gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng và ảnh hưởng đến uy tín ngành. Ông Nguyễn Thanh Hóa bị quy kết đã bao che, không cho các phòng nghiệp vụ xác minh, xử lý CNC.