Được coi là một trong những giải đấu có vai trò quan trọng trong hệ thống thi đấu của bóng đá quốc gia do VFF tổ chức, Giải Bóng đá hạng Nhì quốc gia năm 2019 có sự tham gia của 14 đội bóng, trong đó có 10 đội hạng Nhì quốc gia năm 2018 (Nam Định, Kon Tum, Lâm Đồng, Fishsan Khánh Hòa, Bình Thuận, Bà Rịa Vũng Tàu, Tiền Giang, Bến Tre, Long An, Vĩnh Long), 3 đội hạng Ba mới thăng hạng (Trẻ Hà Nội, Gia Định, Trẻ SHB Đà Nẵng) và Câu lạc bộ Công an Nhân dân - đội bóng xuống từ hạng Nhất quốc gia 2018.

Ban tổ chức đã tiến hành chia bảng căn cứ vào khu vực địa lý nhằm giảm thiểu chi phí đi lại, di chuyển cho các đội. Kết quả bốc thăm chia bảng: Bảng A gồm Công an Nhân dân, Trẻ Hà Nội, Nam Định, Trẻ SHB Đà Nẵng, Kon Tum, Lâm Đồng và Fisshan Khánh Hòa. Bảng B gồm Bình Thuận, Gia Định, Bà Rịa – Vũng Tàu, Long An, Tiền Giang, Bến Tre và Vĩnh Long. Các đội sẽ đá vòng tròn theo thể thức lượt đi và lượt về (sân khách và sân nhà) để tính điểm, xếp hạng, chọn mỗi bảng 2 đội Nhất, Nhì vào vòng chung kết. 

Tại vòng chung kết, 4 đội sẽ được chia thành 2 cặp đấu bán kết (Nhất bảng A gặp Nhì bảng B, Nhất bảng B gặp Nhì bảng A). Hai đội thắng bán kết tiếp tục gặp nhau trong trận chung kết. Các trận đấu ở vòng chung kết thi đấu theo thể thức loại trực tiếp một trận, nếu sau thời gian thi đấu chính thức tỷ số hòa, 2 đội sẽ thi đá luân lưu 11m để xác định đội thắng (không thêm trận đấu phụ). Đội thắng trận chung kết sẽ giành một suất thăng hạng lên thi đấu tại Giải hạng Nhất quốc gia năm 2020. 

Lượt đi vòng loại của giải diễn ra từ ngày 11-5 đến ngày 10-6, lượt về từ ngày 10-7 đến ngày 9-8. Vòng chung kết từ ngày 16 đến 19-8.