Là dự án điện ảnh được dán nhãn C18, tuy nhiên phim lại gây tranh cãi trong dư luận vì diễn viên trực tiếp đóng cảnh nóng mới chỉ 13 tuổi. Mặc dù đoàn làm phim cho biết họ có nhiều biện pháp để bảo vệ cho nữ diễn viên chính trong quá trình làm phim, như sử dụng các thủ pháp quay, dựng hay thuê các quay phim là nữ. Thậm chí gia đình của nữ diễn viên và diễn viên khẳng định họ tự nguyện tham gia bộ phim, nhưng dư luận vẫn sục sôi về câu chuyện nữ diễn viên 13 tuổi đóng cảnh nóng.
Sự việc ngày càng căng thẳng khi nhà sản xuất phim Vợ Ba gửi văn bản lên Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch xin rút bộ phim ra khỏi rạp chiếu vào ngày 20/05. Sau đó Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã yêu cầu Cục Điện ảnh làm rõ về quá trình cấp phép của bộ phim.
Theo báo cáo của đơn vị này, cơ quan này đã ba lần thẩm định kịch bản Vợ Ba. Sau hai lần thẩm định kịnh bản và đề nghị sửa chữa sao cho phù hợp với quan niệm đạo đức, truyền thống và pháp luật Việt Nam trước khi tiến hành sản xuất phim. Đến lần thẩm định thứ ba, Cục Điện ảnh mới cấp phép cho Công ty TNHH Ba Sắc Cầu Vồng thực hiện bộ phim Vợ Ba tại Việt Nam.
Khi công chiếu tại Việt Nam, và dấy lên tranh cãi về việc sử dụng diễn viên nhí, Cục Điện ảnh phát hiện bản phim chiếu tại rạp khác với bản phim đã được thẩm định, cấp phép và lưu chiểu tại Cục Điện ảnh. Đơn vị sản xuất đã thừa nhận những nội dung vi phạm và chủ động khắc phục bằng việc rút phim khỏi rạp từ ngày 21/05.
Hôm nay 24/05, Thanh tra Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã có buổi làm việc với đại diện nhà sản xuất (Công ty TNHH Ba Sắc Cầu Vồng) và ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực văn hóa, thể thao, du lịch và quảng cáo đối với Công ty TNHH Ba Sắc Cầu Vồng vì vi phạm: "Thêm làm sai nội dung phim Vợ Ba đã được phép phổ biến" được quy định tại điểm d, khoản 3, Điều 4, Nghị định số 158/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 của Chính phủ với mức xử phạt là 50 triệu đồng.