Trước đó, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam ra Quyết định số 1507/QĐ-TLĐ ngày 21-10-2020 về việc thi hành kỷ luật viên chức đối với ông Lê Vinh Danh.
Sau đó, ông Danh đã khiếu nại quyết định này và ngày 4-12-2020, Đoàn Chủ tịch Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam ban hành quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu. Ông Danh tiếp tục khiếu nại lần hai.
Đến ngày 3-3-2021, ông Danh khởi kiện Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam về hành vi không thụ lý giải quyết khiếu nại lần hai.
Theo đó, tòa án cho rằng theo quy định tại Khoản 3, Điều 3 Luật Tố tụng hành chính năm 2015 thì hành vi không giải quyết khiếu nại lần hai của Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đối với ông Lê Vinh Danh không phải là hành vi hành chính.
Bởi lẽ, ông Danh là viên chức thuộc quyền quản lý của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Việc xử lý kỷ luật viên chức và giải quyết khiếu nại liên quan đến xử lý kỷ luật viên chức là vấn đề nội bộ giữa viên chức và cơ quan quản lý, sử dụng viên chức, không phải là một trong các nhiệm vụ quản lý hành chính nhà nước mà pháp luật quy định.
Cũng theo quy định tại Điểm c, Khoản 1, Điều 30 Luật Tố tụng hành chính, hành vi hành chính mang tính nội bộ của cơ quan, tổ chức không phải là đối tượng khởi kiện vụ án hành chính.
Căn cứ Điểm đ, Khoản 1, Điều 123, Điểm h, Khoản 1, Điều 143 Luật Tố tụng hành chính 2015, tòa án đình chỉ giải quyết vụ án vì không thuộc thẩm quyền.
Trước đó, ngày 1-8-2020, Ủy ban kiểm tra Thành ủy thành phố Hồ Chí Minh, Đảng ủy khối các trường đại học, cao đẳng thành phố Hồ Chí Minh đã công bố quyết định đình chỉ sinh hoạt cấp ủy, bí thư, ban chấp hành đối với ông Lê Vinh Danh, Bí thư Đảng ủy, Hiệu trưởng Trường Đại học Tôn Đức Thắng.
Ngày 21-8-2020, Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã có quyết định tạm đình chỉ công tác đối với ông Lê Vinh Danh, Hiệu trưởng Trường Đại học Tôn Đức Thắng để kiểm điểm, xem xét kỷ luật trách nhiệm do có các khuyết điểm, vi phạm theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra Thành ủy thành phố Hồ Chí Minh.
Tháng 10-2020, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam quyết định cách chức Hiệu trưởng Trường Đại học Tôn Đức Thắng đối với ông Lê Vinh Danh.
Cũng liên quan đến vụ việc Trường Đại học Tôn Đức Thắng, ông Trần Thanh Hải, Phó Chủ tịch Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam cho biết, căn cứ tính chất, mức độ vi phạm rất nghiêm trọng của vụ việc liên quan đến việc không thực hiện đúng các quy định về xây dựng các công trình, việc quản lý sử dụng tài chính, tài sản của Trường Đại học Tôn Đức Thắng, theo yêu cầu của cơ quan điều tra có thẩm quyền, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã chuyển toàn bộ hồ sơ vụ việc cho cơ quan này điều tra, xử lý.
Ngày 22-3-2021, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế buôn lậu (C03) - Bộ Công an, đã có văn bản gửi Trường Đại học Tôn Đức Thắng đề nghị phối hợp cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến nhiều gói thầu cung cấp thiết bị, xây dựng tại Trường Đại học Tôn Đức Thắng trong thời gian ông Lê Vinh Danh làm hiệu trưởng nhà trường.