Trường Trung học cơ sở Lê Lợi được thành lập từ năm 1975. Trước đây, trường mang tên người Anh hùng Nguyễn Huệ gồm cả trường cấp I và cấp II. Từ năm 1982, trường được tách riêng và đổi tên thành Trường Trung học cơ sở Lê Lợi. Từ mái trường này, nhiều thế hệ thầy, cô giáo đã trở thành cán bộ lãnh đạo của ngành Giáo dục - Đào tạo quận Hoàn Kiếm; là địa chỉ chắp cánh ước mơ cho bao thế hệ học sinh bay cao, bay xa hơn nữa.
Nhận thấy cơ sở vật chất trường đã xuống cấp sau 40 năm sử dụng, năm 2018, thành phố và quận Hoàn Kiếm quyết định xây dựng trường tại địa điểm 18 phố Hàng Khoai với tổng diện tích 1.580,6m2. Công trình đã hoàn tất vào ngày 29/7/2022. Đến ngày 5/9/2022, thầy và trò Trường Trung học cơ sở Lê Lợi đã tưng bừng tổ chức lễ khai giảng năm học mới tại địa điểm 18 Hàng Khoai.
Ngôi trường mới gồm 5 tầng nổi và 2 tầng hầm để xe, trong đó có 15 phòng học. Nhà trường còn được đầu tư các phòng chức năng khác như phòng thư viện, phòng đa năng và các phòng học bộ môn... với cơ ngơi khang trang, hiện đại, hướng tới xây dựng “Trường chuẩn quốc gia cấp độ I”.
Phó Chủ tịch UBND quận Hoàn Kiếm Nguyễn Quốc Hoàn nhấn mạnh, công trình Trường Trung học cơ sở Lê Lợi sau khi hoàn thành đưa vào sử dụng sẽ đáp ứng nhu cầu học tập cho học sinh trên địa bàn phường Đồng Xuân và các phường lân cận; là điều kiện thuận lợi để ngành Giáo dục và Đào tạo quận thực hiện đổi mới căn bản toàn diện theo nghị quyết của Trung ương về đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo, đáp ứng yêu cầu công nghiệp hóa, hiện đại hóa.
Qua đây, Phó Chủ tịch UBND quận Hoàn Kiếm Nguyễn Quốc Hoàn cũng mong muốn, đội ngũ cán bộ, giáo viên nhà trường sẽ hết lòng vì sự nghiệp giáo dục, nỗ lực nâng cao chất lượng dạy và học trong nhà trường, thực hiện thắng lợi những nhiệm vụ được ngành Giáo dục và cấp trên giao phó, xứng đáng với sự tin yêu của học sinh, sự tin tưởng của các bậc phụ huynh.