Khi đến đoạn gần Nhà máy Đạm Cà Mau (thuộc địa phận ấp 6, xã Khánh An, huyện U Minh, tỉnh Cà Mau) thì xảy ra va chạm với ghe biển mang biển kiểm soát AG-10386, do ông Đào Văn Thắng (SN 1985, ngụ xã Thường Thế Tiền, huyện Hồng Ngự, Đồng Tháp) điều khiển theo chiều ngược lại.
Vụ va chạm mạnh làm chiếc đò dọc bị lật úp, những người khác tự bơi được vào bờ. Riêng anh Nguyễn Thanh Hiền (chưa rõ địa chỉ) mất tích. Đến 9h30 cùng ngày, người dân vớt được thi thể anh Hiền.
Ngay sau khi nhận được thông tin, Công an tỉnh Cà Mau chỉ đạo Công an huyện U Minh phối hợp với các đơn vị nghiệp vụ tiến hành khám nghiệm hiện trường, khám nghiệm tử thi, điều tra nguyên nhân vụ tai nạn.
Theo Giấy chứng nhận của Trung tâm Đăng kiểm và Cảng vụ đường thủy nội địa tỉnh Cà Mau, phương tiện thủy mang BKS CM-23703 có khả năng khai thác số người là 2 (người), lượng hàng hóa 0.60 (t) và có hiệu lực đến ngày 9/2/2018. Như vậy, thời điểm xảy ra tai nạn, phương tiện đò dọc đã hết thời hạn đăng kiểm hơn 5 tháng và chở vượt quá số người quy định.