Trước đó TTCP từng có Kết luận vử những sai phạm của Vigecam như: Việc Vigecam bán 53 căn hộ tại phường Dịch Vọng, Cầu Giấy; Mua hà ng với Cty Thà nh Tín; Giao văn phòng là m việc và tiửn vốn; Khuất tất trong việc cho thuê khách sạn 120 Quan Thánh và thực hiện Dự án công viên giải trí Đống Đa; Việc bổ nhiệm ông Lê Thiên Long.... Tuy nhiên, Trong văn bản số 3018/BC-BNN-TTr, ngà y 5/9/2012, Bộ NN&PTNT khẳng định những việc là m trên của Vigecam là hợp lý. Duy chỉ có Kết luận vử việc Vigecam mua và sử dụng xe ô tô con vượt định mức cho các chức danh Chủ tịch HĐQT, Tổng giám đốc là được Bộ NN&PTNT đồng tình với Kết luận của TTCP là có sai phạm.
Khi đử cập đến các vấn đử như việc Vigecam mua hà ng với Cty Thà nh Tín; Giao văn phòng là m việc và tiửn vốn; Khuất tất trong việc cho thuê khách sạn 120 Quan Thánh và thực hiện Dự án công viên giải trí Đống Đa...Văn bản số 3018/BC-BNN-TTr cũng liên tục lặp đi lặp lại cụm từ: Đúng vử hiện tượng nhưng không có sai phạm khiến người đọc buộc phải đặt câu hửi vử trình độ của người soạn nội dung.
Trước trả lời trên của Bộ NN&PTNT, ngà y 13/9/2012. Trong Công văn số 2325/TTCP-V.I, gửi Thủ tướng Chính phủ, TTCP một lần nữa tái khẳng định những gì mình từng đử cập đến trong kết luận trước đây vử Vigecam hoà n toà n có cơ sở. Cụ thể, liên quan đến Dự án 53 căn hộ tại phường Dịch Vọng, Bộ NN&PTNT cho rằng: Vigecam đã thuê thẩm định giá bán căn hộ, đã thực hiện bán căn hộ qua sà n giao dịch của Cty TNHH MTV dịch vụ địa ốc ACB nghĩa là đã qua sà n giao dịch bất động sản. Lập tức quan điểm trên bị TTCP bác bử: Việc (Vigecam-P.V) định giá vị trí khu đất chưa chính xác, việc chuyển nhượng các căn hộ không thông qua sà n giao dịch bất động sản và thực tế một số cán bộ thuộc Vigecam được duyệt mua căn hộ đã chuyển nhượng để hưởng chênh lệch với giá trị lớn nên TTCP kết luận nội dung đơn tố cáo nêu Có sai phạm trong việc định giá bán, giao dịch qua sà n gây thiệt hại cho Nhà nước hà ng trăm tỷ đồng là đúng.
Vử việc Vigecam mua hà ng với Công ty Thà nh Tín và bị đơn vị nà y chiếm dụng vốn, Bộ NN&PTNT cho rằng kết luận của TTCP Đúng vử hiện tượng nhưng không có sai phạm vì: Trong kinh doanh từng thương vụ có thể lãi, có thể lỗ. Nếu chỉ căn cứ và o từng thương vụ đơn lẻ để kết luận gây thiệt hại là không phù hợp. Quan điểm nà y cũng bị bị TTCP bác bử: Vigecam ký 3 hợp đồng bán phân bón với Chi nhánh Công ty Thà nh Tín đửu quy định chế tà i phạt trả chậm nếu quá hạn thanh toán và thực tế chi nhánh Công ty Thà nh Tín chậm thanh toán, chiếm dụng vốn nhưng Vigecam không thu lãi chậm trả là vi phạm quy định của hợp đồng kinh tế đã ký, gây thiệt hại vử kinh tế cho Công ty Nhà nước số tiửn 5.768.973.398 đồng. Vử việc trong thời gian 2 tháng Vigecam bán, mua lại của Chi nhánh Công ty Thà nh Tín rồi lại bán cho Cty cổ phần Tập đoà n quốc tế Năm Sao 270 tấn phân DAP với giá bán thấp hơn giá vốn mua và o 9.500.000đồng/tấn tương ứng số tiửn 2.565.000.000 đồng là gây thiệt hại cho Vigecam. Do vậy, TTCP kết luận nội dung đơn tố cáo nêu: Vigecam bị chi nhánh Công ty Thà nh Tín chiếm dụng vốn trong việc thực hiện các hợp đồng mua, bán phân bón trong năm 2008, có thiệt hại vử kinh tế trong việc mua bán 270 tấn phân DAP là đúng.
Giải thích cho việc Vigecam giao văn phòng là m việc và tiửn vốn cho Vigecam Trading, Bộ NN&PTNT lại cho rằng kết luận TTCP Đúng vử hiện tượng nhưng không có sai phạm vì việc Vigecam Trading được giao văn phòng là m việc và tiửn vốn thuộc thẩm quyửn của Vigecam và không ảnh hưởng đến kết quả sản xuất kinh doanh của Tổng công ty. Lập tức TTCP tái khẳng định việc: Vigecam không thu tiửn sử dụng văn phòng tại Hà Nội và TP.HCM của Vigecam Trading, đồng thời chuyển một số vốn lớn cho đơn vị nà y nhưng không có phương án kinh doanh và không thu tiửn sử dụng vốn là có thật.
Nghi vấn xung quanh việc Vigecam cho thuê khách san 120 Quan Thánh, Hà Nội, một lần nữa Bộ NN&PTNT lại cho rằng kết luận của TTCP Đúng vử hiện tượng nhưng không có sai phạm, việc Vigecam lựa chọn Công ty Linh Hải thuê khách sạn 120 Quán Thánh là không vi phạm, không có thiệt hại. Để là m rõ nghi vấn nà y, TTCP đưa dẫn chứng trong quá trình tham gia bử thầu mặc dù Công ty TNHH Thương mại Du lịch Linh Hải đưa ra mức giá thấp hơn hai đối thủ khác là Công ty Du lịch và Khách sạn Hoà ng Dương và Công ty Cổ phần Thương mại Minh Phúc nhưng vẫn được lựa chọn là đơn vị trúng đấu giá Tại thời điểm 9/2/2010 Công ty Linh Hải còn nợ Vigecam số tiửn thuê khách sạn là 4.977.850.000 đồng, do vậy TTCP kết luận nội dung đơn tố cáo nêu: Nghi ngử có khuất tất trong việc cho thuê khách sạn 120 Quán Thánh là có cơ sở.
Bộ NN&PTNT tiếp tục đưa ra quan điểm Đúng vử hiện tượng nhưng không có sai phạm để lý giải cho việc lãnh đạo Vigecam bổ nhiệm ông Lê Thiên Long và o chức danh Phó trưởng phòng kinh doanh xuất nhập khẩu. Bảo vệ quan điểm của mình, TTCP chứng minh: Từ tháng 3/2008 đến tháng 12/2009, Vigecam bổ nhiệm ông Lê Thiên Long và o chức danh nói trên nhưng ông Long không là m việc tại phòng nà y, đồng thời hưởng sai quy định số tiửn 39.263.119 đồng. Từ đó TTCP khẳng định việc đơn tố cáo nêu ông Long nhậm chức và hưởng phụ cấp Phó phòng cùng lương sản phẩm nhưng không là m việc tại phòng nà y là đúng.
Tại kết luận của Công văn số 2325/TTCP-V.I, TTCP cho rằng Bộ NN&PTNT phải chịu trách nhiệm trước những thiếu sót, sai phạm của lãnh đạo Vigecam. Chính những văn bản vử việc giải quyết Dự án 76 căn hộ do Vigecam là m chủ đầu tư nhưng thiếu kiểm tra giám sát, rồi kết luận thiếu khách quan vử bằng tốt nghiệp PTTH của ông Nguyễn Đức Phong - Tổng giám đốc Vigecam do Bộ nà y ban hà nh là một trong những nguyên nhân dẫn đến khiếu kiện. Mặt khác TTCP cũng không quên nhắc nhở Bộ nà y: Theo quy định của Luật Thanh tra, Bộ NN&PTNT không có thẩm quyửn xem xét lại kết luận thanh tra của TTCP.