Các mối nguy về sức khỏe do dùng thịt xông khói có thể do PAH gây ung thư, các hợp chất N-nitroso compounds, và các amin thơm dị vòng có trong các sản phẩm ở nồng độ quá cao. Trên thực tế, không thể loại bỏ hoàn toàn các hợp chất có hại này ra khỏi thực phẩm của chúng ta. Tuy nhiên, nếu thịt xông khói sử dụng các hợp chất này theo đúng giới hạn dư lượng mà các quốc gia và quốc tế quy định thì sẽ không gây nguy hiểm. Thứ đáng lo ngại nhất về thịt xông khói đó chính là PAH trong khói củi, vì nhiều loại PAH nặng, có trọng lượng phân tử cao hơn 216 Da, đã được công nhận là gây đột biến và/hoặc gây ung thư. Tuy nhiên, hầu hết các PAH có trong khói củi đều có trọng lượng phân tử thấp. Nên vấn đề ăn thịt xông khói gây ung thư vẫn còn đang được tranh cãi.
Thịt xông khói là một trong những loại thịt giàu chất dinh dưỡng, với hàm lượng vitamin, khoáng chất bao gồm: B6, B12, niacin, thiamine, riboflavin, sắt, magnesi, kali và kẽm đều ở mức khá cao. Việc thêm thịt xông khói vào thực đơn trong một đến hai bữa ăn mỗi tuần có lợi cho sức khỏe. Đặc biệt, với những người không ăn cá, thịt xông khói chính là nguồn thực phẩm thay thế lý tưởng nhất để cung cấp axit béo omega-3.
Tuy nhiên, nếu ăn 2 lát lớn thịt xông khói hoặc 1 xúc xích xông khói hàng ngày có thể làm tăng 19% nguy cơ ung thư tuyến tụy. Do đó, thịt xông khói không phải là thực phẩm độc hại nếu ăn một cách điều độ. Phụ nữ mang thai không nên sử dụng loại thịt này vì nguy cơ nhiễm vi khuẩn sang bào thai đã kể ở trên.Với điều kiện dễ mua các loại thực phẩm tươi sống tại Việt Nam thì việc sử dụng thực phẩm tươi sống là đảm bảo an toàn cho sức khỏe và giữ được chất dinh dưỡng tốt nhất.