Theo Ứng Khê niên phả – Ứng Khê là biệt hiệu của Đoàn Huyên, sinh vào giờ Tỵ ngày Kỷ Sửu 25 tháng Bảy năm Mậu Thìn, niên hiệu Gia Long thứ 7 (1808). Cha ông là Quan viên Đoàn Trọng Khoái. Ứng Khê người làng Hữu Thanh Oai, xã Hữu Hòa, huyện Thanh Trì - Hà Nội. Ông đỗ cử nhân năm 23 tuổi và làm quan đến Hàn lâm viện Thị giảng học sĩ kiêm Đốc học.
