Thạch Bàn hiện nay gồm các làng cổ: Cầu Bay, Cự Đồng, Ngọc Trì, Ngô Thôn và Thượng Hội. Trước đây Thạch Bàn là đất của 2 xã Cự Linh. Cự Đồng thuộc tổng Cự Linh, huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh. Sau năm 1945 nhập thành một xã lấy tên là xã Thạch Bàn, huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh. Đến năm 1960 thuộc về Hà Nội. Từ năm 2003, Thạch Bàn là một trong các phường của quận Long Biên.
