Chùa Cự Linh trong khuôn viên cụm di tích đền Trấn Vũ không mang phong cách chùa Việt ở Bắc Bộ nên không ăn nhập với khuôn viên của di tích. Chính vì vậy, các nhà khoa học đề xuất nghiên cứu tu bổ chùa Cự Linh, để không gian di sản phù hợp giá trị truyền thống.
