Nghè Đằng Đông được xây dựng bề thế vào khoảng thế kỷ XVIII, với quy mô kiến trúc hình chữ “Đinh”. Nghè quay hướng đông nam, phía trước là giếng tròn và ao đầm với thế đất thoáng đãng tạo “minh đường”. Những năm 1964-1965, nghè được “hạ giải” để phục vụ cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước.
Trước thế kỷ XIX, nghè Đằng Đông nằm trong hệ thống kiến trúc tín ngưỡng của xã Cự Linh (thuộc tổng Cự Linh, tỉnh Bắc Ninh), một vùng đất có vị thế địa chiến lược và văn hóa quan trọng, đầu mối giao thông thiết yếu ngay trên bờ tả ngạn sông Cái (sông Phú Lương, sông Nhĩ Hà, sông Hồng Hà) ở mạn đông kinh thành Thăng Long, đón và đưa các luồng giao thương, hành hương, quân đoàn và sứ bộ ngoại giao... từ các ngả biên cương phía Bắc, duyên hải phía Đông đến kinh đô và ngược lại.
Trong kháng chiến chống thực dân Pháp, nghè Đằng Đông đã trở thành nơi luyện tập của nghĩa quân tham gia Tam tỉnh nghĩa đoàn trong buổi đầu kháng Pháp; là nơi hoạt động cách mạng bí mật, che giấu cán bộ. Trong cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước, nhất là trong hai lần đối phó với không quân của Mỹ đánh phá miền Bắc, Quân chủng Phòng không - Không quân Việt Nam đã bố trí Trung đoàn pháo phòng không 220 (thuộc Sư đoàn phòng không 361) xen kẽ với Trung đoàn pháo phòng không 232 khảo sát kỹ vị trí, địa hình để bố trí trận địa và chọn nghè Đằng Đông là nơi đặt sở chỉ huy của Trung đoàn. Tòa tiền tế của nghè Đằng Đông trở thành văn phòng họp của Trung đoàn và Đại đội chỉ huy (Đại đội 10). Nền hậu cung được xây dựng một chòi canh có độ cao gần 10m để quan sát máy bay địch (nay vẫn còn dấu tích). Tại sở chỉ huy Trung đoàn ở nghè Đằng Đông, 7 đại đội pháo cao xạ 100mm của Trung đoàn 220 đã trực tiếp bắn rơi 8 máy bay Mỹ.
Với những ý nghĩa đó, nghè Đằng Đông đã được Thành phố Hà Nội gắn biển địa điểm lưu niệm cách mạng kháng chiến.